Jeune lycéenne renfermée et taciturne, Lain Iwakura est confrontée au suicide inexpliqué de Chisa Yomoda, une camarade de classe. Peu de temps après, voilà que Lain reçoit un e-mail provenant de Chisa. Celle-ci lui annonce qu'elle est vivante dans le Wired, que seul son corps est mort et qu'elle a rencontré Dieu. Lain décide alors de se connecter au Wired, le net du futur… Elle va ainsi entendre parler des Knights, une bande de hackers étranges, et pénétrer dans un monde qui va engendrer de multiples questions, au détour d'événements et de rencontres glauques…

Ning (Leslie Cheung) est un inspecteur des impôts un peu timide, qui doit se rendre dans des campagnes reculées pour faire son travail. Lors de l'une de ses habituelles tournées, il passe la nuit dans le temple Lan Jou. Il rencontre le taoiste Yen et une femme mystérieuse Hsiao-tsing. Celle-ci est un fantôme séduisant les hommes pour les offrir à son maître l'arbre démon.

En 2040, l'humanité a implanté plusieurs colonies dans la galaxie. L'IA est proche de la perfection et la chanteuse virtuelle Sharon Apple en est la représentation la plus aboutie. Tout ce qui lui manque, ce sont ses sentiments réels, copiés sur ceux de Myung Fang Lone. Le premier concert de Sharon a lieu sur la planète Eden, où les pilotes de chasse Isamu Dyson et Guld Bowman sont en concurrence dans un projet de développement de prototype de chasseur aérien nommé "Supernova". Isamu, Guld et Myung étaient autrefois des amis d'enfance, mais après un accident il y a sept ans, ils se sont séparés. Avec le retour de Myung, les vieilles querelles sont à nouveau réveillées. Et lorsqu'une technique d'IA instable et illégale est installée à Sharon, la situation s'aggrave.

La guerre civile fait rage sur Vénus. La planète est déchirée entre Ishtar et Aphrodia et les civils doivent endurer couvre-feu et patrouilles continuels. Suzanne Summers, journaliste, arrive sur Vénus pour couvrir la guerre civile qui sévit. Elle rencontre Hiro qui fait partie d'un commando rebelle de motards, et se trouve alors impliquée dans l'affaire...

Isamu Alva Dyson est le meilleur pilote de l'UN Spacy, mais aussi le plus indiscipliné. Après une énième confrontation avec son supérieur, celui-ci lui annonce qu'il est retiré des champs de bataille et sera finalement muté comme pilote d'essai sur la planète Eden (2040). Isamu, complètement euphorique à l'idée de piloter le fleuron des nouveaux modèles de chasseur, se rend donc sur Eden où il a vécu étant enfant. Seulement, le pilote du projet concurrent est Guld Goa Bowman, un ami d'enfance d'Isamu avec lequel il est en froid. Au même moment, Myung Fan Long, productrice de la chanteuse virtuelle Sharon Apple et amie d'enfance des deux pilotes, prépare le concert de sa vedette électronique sur Eden. Au fur et à mesure, les vieux souvenirs reviennent, les rancœurs se font violentes, mais surtout, une conscience naît dans l'ombre...

La petite Miko, âgée de 6 ans, a perdu son chien Papadoll. Un jour, Miko aperçoit un chat tout habillé, qui tente de passer inaperçu. Il va mener la fillette et son grand-frère jusqu’à Bampalwitt, le pays des chats…