Alors que l'alchimiste Edward Elric cherche un moyen de reconstituer le corps de son frère Al, le gouvernement militaire et de mystérieux monstres le surveillent de près.

En 2077, le Japon domine les secteurs de la robotique et de la biotechnologie. Mais les Nations-Unies considèrent ces avancées technologiques comme une menace pour l'humanité et mettent en place un système de réglementation draconien. Le Japon se retire alors de l'ONU et s'isole complètement du reste du monde. Dix ans plus tard, une unité des forces spéciales américaines - dont l'un des membres est le Lieutenant-Commandant Vexille - est envoyée pour enquêter sur la situation réelle au Japon. Ce qu'ils vont découvrir changera la face du monde ?

En 2068, l’humanité s’est appropriée l’espace en établissant une colonie forte de plus de 300 000 habitants sur la Lune. Pour l’approvisionner, un plateforme spatiale du nom de Moonlight Bazooka a été construite pour réguler le trafic en orbite basse de la Terre. Mais un beau jour, le célèbre vaisseau spatial 078962-EK surnommé « Le Hollandais Volant » fait halte dans la station après un périple de 15 ans dans l’espace intersidéral. À son bord : une nouvelle énergie censée assurer la pérennité de l’espèce humaine qui attirera bien des convoitises…

Le long et tortueux périple des frères Elric s'achève dans ce dénouement épique, où ils doivent combattre une menace qui se veut divine et pourrait détruire leur nation.

Lorsqu'un personnage mystérieux commence à cibler les alchimistes d'État pour leurs péchés contre Dieu, l'alchimiste Edward Elric et son frère Alphonse sont les plus vulnérables, tandis que les homoncules recommencent à se dévoiler.

Dans la contrée d’Orlais, où les batailles se mènent à coup d’épées et de magie, Cassandra, belle et courageuse guerrière, se bat pour stopper une conspiration sanglante qui menace le royaume. Mais accusée à tort de meurtre, elle est prise en chasse tant par ses ennemis que par ses compagnons. Elle devra alors tout faire pour laver son honneur et s’inscrire dans la légende…