Richard Castle est un écrivain à succès spécialisé dans les thrillers. La police s'intéresse de près à lui lorsqu'un tueur copie les meurtres mis en scène dans ses romans. Une fois cette affaire résolue, Castle devient consultant pour la police de New York...

À la suite de l'accident, Beckett avait été avertie et avait appris que la voiture de Castle était en flammes dans un ravin. Bien décidé à trouver des réponses, Kate et son équipe se lancent dans l'enquête la plus prenante de leur vie : retrouver Castle, vivant. Dans le même temps, Jerry Tyson et le Dr Kelly Nieman refont leur apparition avec en tête un terrible plan pour éliminer toute l'équipe de Beckett et Castle, le Némésis de Tyson.

Kate accepte d'épouser Richard, mais accepte aussi un poste à Washington. Comme elle s'ennuie trop de Richard et de ses ami(e)s, Kate commet une erreur qui lui fera perdre son poste et ainsi retourner à New York. Alors qu'elle reprend sa vie au commissariat, elle prépare avec l'aide de Richard, son mariage. Elle croise à quelques reprises le chemin du sénateur Bracken. Elle fait même connaissance avec son beau-père, le père de Richard. Tout allait pour le mieux, quand deux événements empêcheront les futurs époux de se marier.

Après l'affrontement sur le toit avec l'homme qui lui a tiré dessus, Beckett s'étant rendu compte de l’étendue de ses sentiments pour Castle, s'est rendue chez lui pour enfin le lui avouer, et se donner à lui. Après leur première nuit d'amour, Castle et Beckett cachent leur relation à leurs proches et le meurtre de la mère de Beckett est résolu avec de nombreux rebondissements.

Après l'enterrement de Roy Montgomery, et à cause de la balle qu'elle a reçue, Kate est emmenée aux urgences par ses collègues et Castle. Kate est saine et sauve mais elle prétend avoir oublié ce qui s'est passé après le coup de feu, dont la déclaration d'amour de Castle. Après plusieurs épisodes, Castle et Beckett sont sur la piste de l’assassin de la mère de Beckett. Castle essaie de la convaincre de ne pas se lancer à sa poursuite, qu'elle pourrait perdre la vie, mais Kate n'en fait qu'à sa tête et à son irrésistible envie de vengeance.

Cette troisième saison intervient après le départ de Castle avec son ex-femme dans les Hamptons.

Castle essaie d'obtenir le pardon de sa partenaire en essayant, dans le même temps, de finir son dernier livre. Les circonstances forcent le duo à enquêter sur un homme retrouvé mort. Beckett se rend compte au fil des enquêtes que l'écrivain ne la laisse pas indifférente. Lorsque celle-ci se décide enfin à lui avouer ses sentiments, Gina Cowell fait son entrée.

Richard Castle est contacté par le lieutenant Kate Beckett pour une série de meurtres commis copiant ceux des livres de l'écrivain. Il s'aide de ses relations avec le maire pour devenir consultant de la police de New York. Le maire l'autorise à suivre le lieutenant Kate Beckett sur ses enquêtes. Le considérant comme un boulet au début, elle se rend vite compte que ses théories, quoique souvent farfelues, permettent la résolution de nombreux meurtres.