En 1931, le shogun Yoshinobu Tokugawa a 94 ans et exerce toujours un contrôle absolu sur le Japon. Des vestiges de la culture de l'ère Meiji sont visibles dans la ville, mais la science et la cosmologie ésotérique japonaise Onmyodo se développent également, dégageant un sentiment de modernité. Pourtant, œuvre dans l'ombre Kuchinawa, un groupe dissident qui cherche à assassiner le shôgun et à faire tomber le régime. Pour les éliminer, le gouvernement envoie ses bourreaux à travers l'organisation secrète Nue. Yukimura Sawa en fait partie. Toute sa famille a été assassinée par le chef de Kuchinawa et elle a juré de consacrer sa vie à venger leur mort...

Judoka depuis de nombreuses années, Michi Sonoda se donne corps et âme afin de parfaire sa technique dans cette discipline qu’elle affectionne tout particulièrement. Pourtant, lors de la finale d’un tournoi inter-collèges, son adversaire, Towa Hiura, prend l’ascendant sur elle, ce qui contraint la jeune fille, dépitée, à abandonner le judo. Aspirant à profiter pleinement de sa nouvelle vie de lycéenne, elle rencontre par hasard Towa dans le dojo de l’établissement, qui la supplie de rejoindre le club afin d’empêcher sa dissolution, faute de membres. Quel choix fera donc Michi ?

Arrivé à un âge avancé, Koyomi reçoit sur son terminal un rappel pour un rendez-vous au carrefour de l’avenue Showa. Il y rencontre le fantôme d’une jeune fille. Aurait-il fait un transfert temporel ? Un voyage à travers le temps et les mondes parallèles débute alors pour percer les mystères de son existence et de sa relation avec celle qui partage sa vie.