L'histoire se déroule un an après le premier film. On y suit les deux survivants rentrer chez eux et tenter d'alerter l'opinion publique sur ce qui s'est passé sur l'île. Leurs déclarations provoquent un chaos sur tout le pays, violemment réprimé par le pouvoir militaire. Ce dernier décide alors de faire participer les deux opposants à la deuxième session de Battle Royale en compagnie d'une classe beaucoup moins tendre que la précédente.

Quand la belle Kanako, lycéenne populaire et sans histoire disparaît, sa mère fait appel à son ex mari, flic alcoolique, pour qu’il retrouve leur fille. Mais celui-ci va découvrir que sous les apparences, l’univers de l’adolescente est plus trouble qu’il n’y paraît…

Dans un avenir proche, les élèves de la classe B de 3ème du collège Shiroiwa ont été amenés sur une île déserte par une armée mystérieuse. Un adulte surgit tout à coup devant eux : leur ancien professeur Kitano. Il leur annonce qu'ils vont participer à un jeu de massacre dont la règle consiste à s'entretuer. Seul le dernier des survivants pourra regagner son foyer. Kitano leur présente deux nouveaux élèves très inquiétants. Des coups de feu retentissent pour convaincre les incrédules. Selon la loi de réforme de l'éducation pour le nouveau siècle, ce sacrifice permettra de former des adultes sains. Abandonnés chacun à son sort avec de la nourriture et une arme, les adolescents disposent d'un délai de trois jours pour s'entretuer.

Misa Kuroi est une jeune fille possédant des pouvoirs de sorcière, qui arrive en cours d'année dans un nouvel établissement scolaire. En ville dernièrement, les morts violentes suspectes se succèdent, selon une logique qu'un des élèves de la classe de Misa interprète comme étant une cérémonie pour invoquer Satan. Un jour, treize élèves dont Misa sont désignés par leur professeur pour rester et faire un devoir. Mais celle-ci s'éclipse et ne revient pas. Une des élèves part aux toilettes et meurt noyée, tandis qu'un groupe essaie désespérément de sortir, leurs pas les ramenant inlassablement dans l'enceinte du lycée.