Amon est un jeune garçon pas tout à fait comme les autres. En effet celui-ci est doté de pouvoirs exceptionnels mais inexplicables. Il va par la suite se prêter volontairement aux expériences de son père physicien qui cherche avant tout à faire progresser la science. Mais malheureusement Branick va faire son apparition. C'est un homme mauvais qui convoite la mystérieuse force d'Amon afin de l'exploiter dans la fabrication d'une bombe destructrice dans le but de dominer le monde. Par peur, le scientifique abandonne toutes ses recherches et choisit de s'enfuir avec sa femme et son fils. Mais durant leur fuites de nombreux problèmes surviennent. Le scientifique et sa femme réussissent malgré les ennuies à s'enfuir laissant derrière eux Amon seul devant ses responsabilités...

Les morts se transforment en livres. La bibliothèque Bantorra les conserve et chaque personne qui lit un livre peut apprendre le passé du défunt. La bibliothèque est tenue par des bibliothécaires armés qui exercent des pouvoirs psychiques et leur ennemi est une société religieuse connue sous le nom de Sindeki Kyōdan.

Ce film est en fait la suite de la première partie du premier film qui reprend donc la deuxième saison de Tengen Toppa Gurren-Lagann et donc de la nouvelle vie de Simon et de ses compagnons.

Un jour de pluie, Akane traversa un chemin avec un gentil jeune homme qui lui offrit son manteau. Lors de leur seconde rencontre, il lui avoue qu'il n'a aucun souvenir de qui il est, que ce soit son nom ou son passé, mais se sent heureux en sa présence. Akane part alors à la recherche de son nom, et souhaite démêler son lien énigmatique avec une célèbre danse maudite dont la rumeur dit que quiconque tentera de l'exécuter sera tué.

Zeke est un artiste. Il possède un pad qui donne vie à ses dessins. Grâce à ça, chaque est une aventure artistique.

Tous les cinquante ans, émerge de la brune une île mystérieuse au large de la mer. Cette île est habitée par des enfants hanyo qui sont retenus par la Cicatrice Écarlate. L'un des enfants, une petite fille, qui n'a pas encore reçu cette marque, a pu s'enfuir. Mais cette enfant est attaquée par un youkai ; c'est alors que la « bande » d'InuYasha la sauve. Leur présence était due au flair d'InuYasha. En effet, ce dernier avait senti l'odeur du youkai, qui lui avait infligé cinquante ans auparavant la cicatrice écarlate, et il comptait se venger. InuYasha et les autres se rendent alors sur cette île ; leur combat ne fait que commencer…

L'histoire commence peu de temps avant la mort d'Inu-No-Taishô, le père de Sesshomaru et d'InuYasha. On apprend que ce puissant démon possédait trois armes : Tessaiga (qui donne la mort et léguée à InuYasha), Tenseiga (qui redonne la vie et léguée à Sesshomaru) et enfin Sou'unga. Cette dernière a été scellée, car il s'agit d'une épée maléfique et difficile à dompter. Mais le sceau se brise, se réveille alors la volonté de l'épée qui entreprend de détruire le monde en ouvrant les Portes de l'Enfer.

La « bande » d'InuYasha mène une nouvelle fois un rude combat contre Naraku, à la fin duquel ils viennent à bout de leur ennemi juré. D'ailleurs le Kazaana de Miroku disparaît et Kohaku, le frère de Sango, n'est plus sous l'emprise de Naraku. Est-ce vraiment la fin ? Peu de temps après, InuYasha rencontre un nouvel ennemi : la princesse Kaguya. Celle-ci veut détruire toutes vies sur terre et faire régner le chaos éternel. Cette dernière propose à InuYasha de réaliser son rêve : devenir un démon à part entière.

L'un des morceaux de la Shikon No Tama a donné naissance à un démon : Menomaru. Celui-ci veut absorber les puissants pouvoirs de son père qui fut scellé 200 ans plus tôt par le père d'InuYasha. Commence alors un combat acharné entre ce démon assoiffé de pouvoir et la « bande » d'InuYasha, durant lequel les sentiments de ce dernier et de Kagome sont mis au défi.