Isamu Alva Dyson est le meilleur pilote de l'UN Spacy, mais aussi le plus indiscipliné. Après une énième confrontation avec son supérieur, celui-ci lui annonce qu'il est retiré des champs de bataille et sera finalement muté comme pilote d'essai sur la planète Eden (2040). Isamu, complètement euphorique à l'idée de piloter le fleuron des nouveaux modèles de chasseur, se rend donc sur Eden où il a vécu étant enfant. Seulement, le pilote du projet concurrent est Guld Goa Bowman, un ami d'enfance d'Isamu avec lequel il est en froid. Au même moment, Myung Fan Long, productrice de la chanteuse virtuelle Sharon Apple et amie d'enfance des deux pilotes, prépare le concert de sa vedette électronique sur Eden. Au fur et à mesure, les vieux souvenirs reviennent, les rancœurs se font violentes, mais surtout, une conscience naît dans l'ombre...

La carrière de chanteuse de Ranka est au beau fixe alors que Sheryl voit la sienne dégringoler en même temps que sa santé. Dans l'ombre, les différents camps continuent d'œuvrer afin d'obtenir le contrôle de la horde des Vajras en utilisant le pouvoir du chant des deux chanteuses. Alors que la bataille entre la flotte Macross Frontier et les Vajras reprend, Alto prend enfin sa décision

Après un attentat contre le roi Richard, des assassins s'en prennent à la princesse Mary, la prochaine à accéder au trône. L'équipe du Pigeon blanc doit la protéger tout en localisant les bombes mortelles de Cavorite - un exploit difficile quand Ange est la sœur déguisée de la princesse Mary.

L'histoire met en scène les douze Chevaliers d'Or et principalement Aiolia (Chevalier d'Or du Lion), après leur supposée mort au Mur des Lamentations. Les douze guerriers auraient survécu à l'explosion et leurs armures ont évolué en God Gold Cloth grâce au sang de la déesse Athéna.

An 2023 après J-C. Noriko Takaya, jeune adolescente de 16 ans, intègre une école de pilotage de robots. Son but : aller dans l'espace et suivre les traces de son père, officier spatial tué par les extra-terrestres 8 ans auparavant.