Au début du XVIIIe siècle, Aoki Souzaemon, un Samouraï, recherche l'homme qui a tué son père. Mais le jeune homme est bientôt rongé par le doute : doit-on à tout prix se venger ? N'est-il pas préférable de mener une vie tranquille auprès de ceux qu'on aime ?

Elles ont été élevées durant les années de plomb de l’immédiat après-guerre. Juliane la révoltée est devenue journaliste. Sa sœur, jadis la plus soumise, s'est enfoncée dans le terrorisme. Juliane aujourd'hui ne peut croire que sa sœur s'est donne la mort dans la cellule de sa prison.

L'histoire se déroule en 2314, soit deux ans après la défaite des A-Laws et des Innovades menés par Ribbons Almark lors de la saison 2 de Gundam 00. Les Celestial Beings continuent de veiller sur la paix fragile qui s'est installé. Sur Terre, Saji Crossroad continue de veiller au chevet de Louise Halevy qui est toujours hospitalisée suite au traumatisme vécu lors de la dernière guerre, alors que dans l'espace, la princesse Marina Ismail et Shirin Bakthiar du Royaume d'Azadiztan supervisent la construction d'une nouvelle colonie spatiale. Un vaisseau d’exploration abandonné il y a 130 ans à côté de Jupiter a quitté son orbite et retourne vers la Terre. Le vaisseau est détruit mais des débris retombent sur Terre et d'étranges phénomènes commencent alors à se produire. Afin de mettre un terme à la guerre qui se prépare, Setsuna F. Seiei devra découvrir le véritable but de son évolution en tant qu’Innovator et ce à quoi Aeolia Schenberg comptait préparer l’humanité.

300 ans après notre ère, la Terre vit meurtrie des blessures causées par l'inconscience de l'homme. Le monde est désormais dominé par la toute puissance des esprits de la forêt qui infligent à l'humanité leur colère pour les souffrances passées.Dans ce nouveau monde, co-existent deux cités : Ragna, qui oeuvre pour le retour de la civilisation, et la Cité Neutre, qui prône l'harmonie avec la forêt.Mais le destin s'en mêle lorsque Agito réveille par hasard Toola, une jeune fille du temps passé, conservée mystérieusement dans un sanctuaire interdit. Le fragile équilibre qui régente cette Terre est à nouveau menacé par l'apparition de celle à qui le passé a confié une mission : Toola.

Alice intègre un nouveau collège où circule une étrange rumeur concernant un meurtre commis un an plus tôt. La victime est un mystérieux « Judas ». Une de ses camarades de classe et voisine, Hana, vit recluse chez elle. De nombreux commérages courent à son sujet, notamment le fait qu’elle connaîtrait des détails à propos de l’affaire « Judas ». Un jour, Alice pénètre secrètement dans la maison de Hana mais celle-ci l’y attend déjà. Pourquoi Hana vit-elle isolée du monde ? Qui est Judas ? Alice décide de mener l’enquête et se lance dans une aventure qui lui fera découvrir une amitié sincère.

L'histoire se déroule un an après le premier film. On y suit les deux survivants rentrer chez eux et tenter d'alerter l'opinion publique sur ce qui s'est passé sur l'île. Leurs déclarations provoquent un chaos sur tout le pays, violemment réprimé par le pouvoir militaire. Ce dernier décide alors de faire participer les deux opposants à la deuxième session de Battle Royale en compagnie d'une classe beaucoup moins tendre que la précédente.

Duo connu de détectives, Yuuki Shinjurou et Inga ne se lassent pas de résoudre des énigmes. L'un est surnommé « Le Dernier Grand Détective », notamment grâce à son intelligence. L'autre ne fait que l'aider dans ses réflexions. Ils n'ont jamais perdu face aux différents mystères. C'est ce qu'ils souhaiteraient croire et faire croire aux autres, néanmoins rien de tout cela n'est vrai… En tout cas, ce qui est certain, c'est qu'ils ont souvent affaire à des surprises au cours de leurs enquêtes !

Celui que l'on appellera plus tard Yuki Shinjûro a débuté sa vie de manière assez misérable. Orphelin de naissance, il part du Japon une fois sa scolarité terminée pour devenir projectionniste itinérant dans des pays en guerre. Mais son projet échoue et il se retrouve à vagabonder ici et là. Il rencontre alors les membres d'une ONG qui le recueillent ; mais il est aussitôt tué dans une embuscade militaire. C'est à ce moment-là qu'il est possédé par Inga, un démon mangeur d'âmes qui a la capacité de révéler les plus noires vérités contenues dans le cœur humain...

Duo connu de détectives, Yuuki Shinjurou et Inga ne se lassent pas de résoudre des énigmes. L'un est surnommé « Le Dernier Grand Détective », notamment grâce à son intelligence. L'autre ne fait que l'aider dans ses réflexions. Ils n'ont jamais perdu face aux différents mystères. C'est ce qu'ils souhaiteraient croire et faire croire aux autres, néanmoins rien de tout cela n'est vrai… En tout cas, ce qui est certain, c'est qu'ils ont souvent affaire à des surprises au cours de leurs enquêtes !

Une nouvelle rentrée se prépare au lycée Suzuran. Les boss de l’établissement, Genji et Tamao, ont été diplômés. Une bataille s’engage alors entre les nouveaux lycéens pour déterminer qui contrôlera l’établissement...

Trois meurtres ont lieu à Tokyo. Les nombres laissés sur les scènes de meurtre suggèrent peut-être où le prochain meurtre aura lieu. Une enquête commence sur le tueur en série et le détective Kosuke Nitta travaille sur l'affaire. Il pense que le prochain meurtre aura lieu à l'hôtel Koruteshia Tokyo. Pour attraper le tueur, Kosuke Nitta se met sous couverture et commence à travailler à la réception de l'hôtel. Naomi Yamagishi travaille aussi à la réception de l'hôtel Koruteshia Tokyo. Elle est choisie pour former Kosuke Nitta à son poste de réceptionniste, mais ils ne s'entendent pas. Kosuke Nitta se concentre sur la capture du tueur, mais Naomi Yamagishi accorde la priorité à la sécurité des invités. Au fur et à mesure qu’ils commencent à comprendre les différences les uns des autres, ils commencent également à établir une relation de confiance. Qui est le meurtrier ?

Hasumi est un jeune trop calme pour son âge. Sa faculté à demeurer impassible devant les difficultés et à ne pas répondre aux coups et aux provocations va vite faire de lui un souffre douleur pour les élèves au sang plus chaud et à la tête moins pleine que la sienne. Il tient le coup grâce à sa passion pour la pop star Lily Chou-Chou, dont les chansons lui permettent de s'évader. Cette passion il la partage avec son camarade Hoshino, et avec des millions d'autres fans, qui se retrouvent anonymement sur internet pour discuter de leur amour pour la mystérieuse chanteuse.