Hitomi est une solitaire, mal dans sa peau. Consciente de faire souffrir son entourage, elle voudrait juste disparaître. Comme un ange venu exaucer son vœu, un homme encapuchonné lui apparaît et lui prédit la réalisation de son souhait. Aspirée par de l’eau apparue comme par magie, elle reprend connaissance dans un autre monde, à l’intérieur du cockpit d’Escaflowne, puissante armure du roi dragon, Van.

Le club de tennis du lycée est sur le point de fermer ! Qu’à cela ne tienne, Tôma Shinjô demande à Maki Katsuragi, un jeune prometteur, de rejoindre l’équipe afin de participer au championnat d’été. Ce dernier accepte, à la condition d’être rémunéré…

An 228 du calendrier révolutionnaire : Le mystérieux conseiller militaire Julius Kingsley, épaulé par Suzaku Kururugi, un Knight of Rounds, prend le commandement de toutes les forces armées de Britania avec l'accord de Sa Majesté l'empereur. Sa prise de fonction et de pouvoir sème le trouble au sein de la population europienne. Shin Hyûga Shaing assiste calmement aux opérations de Lord Kingsley et en profite pour placer ses pions en vue de réaliser ses ambitions personnelles.

« Mon objectif est détruire ce monde ! » Shin perd le contrôle de son Geass. Akito est résolu à l'affronter dans un ultime combat fratricide. L'unité wZERO a certes réussi à réduire les troupes euro-britanniennes de deux tiers grâce à la bombe larguée par Yukiya, mais elle est toujours en position de faiblesse, recluse dans le château de Weisswolf. Ashley, un ancien ennemi de l'unité, change de camp et vient leur prêter main forte. Avant de partir pour l'ultime combat, Akito coupe sa tresse et la donne à Leila. Quand les âmes sont unies, le secret de l'avenir est mis à nu. Le futur qui les attend sera-t-il celui de l'espoir ou du désespoir ? La bataille de la destinée touche à sa fin. Voici venir la conclusion de Code Geass - Akito the Exiled !

Après avoir forcé l'ancien chef des chevaliers à se suicider, Shin est promu commandant des Chevaliers de Saint-Michel. Pendant ce temps, l'unité « W-Zero » tombe dans une embuscade dirigée par Shin, le frère d'Akito. Mais ce dernier parvient, grâce à son pouvoir du Geass, à repousser l'assaut adverse… Au même moment, un étrange convoi entre en gare de St Petersbourg avec à son bord un homme dont le visage reste caché. Qui est donc ce mystérieux personnage ? Akito arrivera-t-il a déchaîner son pouvoir du Geass contre son frère ?

La guerre entre Britania et la République Unie d’Europia arrive à un point décisif. Tandis que le groupe terroriste de la Flotte de l’Arche sème le chaos en Europia, l’unité « W-Zero », dirigé par Akito Hyûga, contre-attaque et s’en prend au quartier général de la Flotte de l’Arche : un dirigeable géant nommé Gallia Grande. Alors que la bataille fait rage, Leila perd tout contact avec Akito. Au même moment, le Saint-Empire de Britania profite de l’absence d’Akito et de ses soldats, pour attaquer le château Weiswolf, un des points stratégiques d’Europia. Leila assiste, impuissante, à l’invasion de Shin et des Chevaliers de Saint-Michel. Va-t-il réussir à prendre possession du Château ?

En 1942, un cargo allemand transporte une importante cargaison de caoutchouc entre le Japon et la France occupée. L'officier qui le commande, le capitaine Müller, reçoit l‘ordre de détruire le navire en cas d’interception par les alliés. Les services secrets britanniques introduisent à son bord Robert Crain, un allemand anti-nazi qui devra se faire passer pour un SS et aider les britanniques à récupérer la marchandise.

L’histoire débute lorsque l’armée de Britannia cherche à envahir l’Europe. Sur le bord de la défaite, l’armée de l’UE constitue une division spéciale sous le nom de W-Zero, dont le mystérieux pilote, Akito Hyuuga, est membre. À la tête de cette unité, Leila Malkal, une aristocrate originaire de Britannia qui s’est engagée dans l’armée. Suite à une mission qui a coûté la vie à 99 % de l’unité W-Zero, Leila doit maintenant recruter de nouveaux soldats pour affronter les partisans de l’Empire Britannia…