Mikuri Tomokzu est un lycéen ennuyeux, impopulaire, mauvais étudiant et célibataire. Il vit depuis la mort de ses parents chez Manase-san. La nuit qui précède son 16ème anniversaire il décide de se coucher plus tôt. Et se retrouve dans un monde un peu bizarre durant son rêve. C'est à ce moment la qu'apparaît une petite fille volante qui commence une bataille contre une sorte d'OVNI. Quand il se réveille il voit cette petite fille étrange dans son lit. La nuit suivante il se retrouve encore dans le même monde mais cette fois avec sa camarade de classe Mizuki. Quand il touche Mizuki elle se transforme en combattante. Et c'est à ce moment la que commence la bataille dans ce monde imaginaire.

John Q. Archibald mène une vie paisible entouré de Denise, sa femme, et de Michael, son fils de neuf ans. Un jour, au cours d'une partie de base-ball à laquelle son père participe activement, Michael s'effondre suite à un malaise cardiaque. Il est transféré d'urgence à l'hôpital où on lui diagnostique une malformation congénitale. Si on ne lui donne pas rapidement un nouveau coeur, il décédera. En devenant ouvrier à temps partiel, John a perdu une partie de sa couverture médicale. Résultat : l'assurance ne couvrira pas les frais de la transplantation cardiaque. La directrice de l'hôpital, Rebecca Payne, consciente des difficultés financières que rencontre cette famille, ne peut leur offrir gratuitement une telle opération. Désespéré, John Q. entre armé dans l'établissement et prend en otage le personnel des urgences, et ce jusqu'à ce que les médecins décident d'opérer son enfant.

Le Stuff est un yaourt très apprécié des américains. En réalité ce yaourt est composé de produits extraterrestres qui entraînent chez les consommateurs une dépendance qui va jusqu'à les transformer peu à peu en ectoplasmes. Une société de yaourts concurrente, engage un agent du FBI afin de comprendre pourquoi le Stuff fonctionne si bien, ce que celui-ci va trouver s'avère être bien étonnant...