Province d’Echizen, été 1913. En route vers Kyoto, le professeur Yamasawa traverse un village frappé par la sécheresse, perdu au milieu des montagnes. À proximité se trouve l’étang du Démon, objet de superstitions de la part des habitants. En effet, si la cloche du village ne sonne pas quotidiennement, le dragon retenu au fond de l’eau serait libéré et provoquerait un déluge mortel. L’arrivée de Yamasawa chez Akira et Yuri, le couple chargé de faire respecter cette tradition immuable, va bientôt mettre en péril cet équilibre.

Java 1942 : un camp de prisonniers est dirigé par le capitaine Yonoi, un chef japonais à la poigne de fer. À la crainte et au mépris qu'éprouvent les prisonniers et les subalternes du capitaine à l'endroit de ce dernier, s'oppose la résistance étonnante d'un soldat anglais, Jake Celliers. Face à son attitude provocante, Yonoi devient de plus en plus sévère dans le but de faire plier le rebelle.

Lorsqu'une présentatrice populaire d'une émission d'information aux heures de grande écoute devient suspecte dans une affaire de meurtre, son ex-mari - qui a travaillé comme procureur dans le passé mais travaille maintenant comme défenseur public - décide de défendre sa femme.

Zatoichi se retrouve fortuitement invité à une cérémonie qui réunit tous les clans yakuzas de la région, sous l'égide de leur chef suprême, un cruel et démoniaque parrain, aveugle comme lui. D'abord accueilli comme un des leurs, le "parrain Zatoichi", porte-parole de valeurs morales très personnelles, devient vite un convive gênant. Craignant qu'il ne nuise au bon déroulement de la cérémonie qui doit élire son successeur, le roi de la pègre, surnommé aussi le "shogun de l'ombre", décide d'éliminer Zatoichi. Pour cela, il va utiliser la seule arme capable, d'après lui, de terrasser le bretteur hors pair : la séduction. Et, effectivement, Zatoichi va tomber éperdument amoureux de la femme chargée de le tuer...