Gaara mène la Quatrième Compagnie au combat contre les précédents Kage, dont son propre père. Pendant ce temps, Naruto et Killer Bee font face à Itachi Uchiha ressuscité, qui reconnaît la progression de Naruto en tant que shinobi et son potentiel pour sauver son frère, Sasuke, de son chemin vers la vengeance. Les batailles font rage, et tous doivent affronter des ennemis - ainsi que des amis - qu'ils ne s'attendaient pas à revoir !

La quatrième grande guerre ninja fait rage, et le danger vient de toutes parts. De vieux camarades et ennemis sont sortis de leur tombe sous le contrôle de Kabuto pour combattre les forces alliées. Alors que certains gardent leur calme, d'autres doivent lutter contre leurs émotions. L'entraînement de Naruto l'a rendu plus puissant, mais certains pensent que sa possession des neuf queues fait de lui un danger. Pendant ce temps, Sakura et le Ninja médical font face à un danger unique, car un ennemi pourrait se trouver parmi eux derrière les lignes alliées. Les forces alliées pourront-elles survivre aux assassins et à leurs amis ressuscités pour gagner la guerre ?

Alors que le Village de la Feuille se prépare à la guerre, chaque shinobi et chaque clan doit réfléchir au rôle qu'il jouera dans les batailles à venir. Alors que les camarades de Naruto cherchent à se former auprès de sources surprenantes, Naruto lui-même doit affronter à la fois sa plus grande faiblesse et sa plus grande force : le renard à neuf queues. Pour atteindre une puissance optimale, Naruto doit apprendre à contrôler la bête qui est en lui, il demande donc de l'aide à la seule personne qui a maîtrisé cela, Killer Bee ! Mais le Jinchuriki à huit queues ne veut rien savoir de l'entraînement de Naruto !

Naruto déclare à ses amis son intention de s'attaquer seul à Sasuke, tandis que les doyens de la Feuille prennent une décision sérieuse quant à l'identité de celui qui occupera le siège vacant de Hokage : Kakashi ! Au Mont Myoboku, Gerotora, Fukasaku et le Grand Seigneur doyen débattent de l'opportunité de donner à Naruto la clé du Sceau du Tétragramme que Gerotora détient, un geste qui pourrait potentiellement libérer les Neuf Queues.

Au lendemain de l'attaque du village, Naruto et Sakura sont choqués de découvrir que Danzo a été choisi comme nouveau Hokage. Et son premier ordre du jour concerne le ninja rebelle de l'équipe 7, Sasuke ! Ensuite, les Kage de chaque village se réunissent pour un sommet au Pays du Fer, et Naruto demande le pardon pour Sasuke au Raikage. Mais le cycle de la haine est profond dans le monde des shinobis, et tandis que les cinq Kage discutent de la façon de traiter l'Akatsuki, le mystérieux Madara s'avance et révèle des vérités qui vont bouleverser le monde de Naruto ! De plus, remontez le temps jusqu'à un tournant dans la vie du jeune Kakashi, alors qu'il se bat aux côtés de ses coéquipiers sous la direction du quatrième Hokage !

Naruto et ses amis réussissent à déchiffrer le code que Jiraiya a laissé derrière lui, mais ce n'est pas suffisant pour résoudre le mystère de Pain. Pour Naruto, le décès de Jiraiya est plus que suffisant pour l'inciter à suivre Fukasaku au Mont Myoboku, où il commence son entraînement au Sage Jutsu. Mais le nerveux Naruto sera-t-il jamais capable de rester assis assez longtemps pour atteindre le mode Sage ? De retour au Village de la Feuille, le désastre frappe lorsque les Six Chemins de la Douleur attaquent le village, et ceux qui sont les plus chers à Naruto sont jetés dans le chaos de la bataille !

L'équipe rentre au village quand Tsunade leur confie une mission urgente qui les mènera à un voyage périlleux pour protéger une jeune femme !

Le nouveau jutsu Rasen Shuriken de Naruto est incroyablement puissant - mais en raison des risques pour l'utilisateur, Tsunade interdit à Naruto de l'utiliser ! Lorsque Jiraiya revient au village, Naruto lui demande conseil et tous deux se rendent dans une station thermale pour trouver une solution. Pendant ce temps, Kakashi dirige une équipe à la recherche de la cachette d'Orochimaru, et lorsque Naruto en entend parler, il supplie de se joindre à eux.

Asuma et Shikamaru doivent faire preuve de perspicacité pour affronter les jutsu époustouflants du binôme Akatsuki, Hidan et Kakuzu. À la dernière minute, les Akatsuki sont rappelés, mais pas avant d'avoir porté un coup fatal à un shinobi vénéré de la Feuille. Le ninja dévasté qui reste derrière ne pense qu'à se venger, mais Tsunade s'oppose à ce projet jusqu'à ce qu'une offre d'aide arrive d'une source inattendue.

Vaincu par Sasuke, Naruto retourne au village caché de la Feuille pour commencer un nouveau programme d'entraînement avec Kakashi et Yamato. Naruto apprend qu'il possède un chakra de type vent. Pendant ce temps, un groupe de quatre personnes mystérieuses attaque un village dans la campagne du Pays du Feu. Qui sont-ils et que veulent-ils exactement des ninjas du Village de la feuille ?

Naruto, Kakashi, Sakura et Lee sont envoyés en mission pour escorter un prince durant son voyage à travers le monde pour ensuite le ramener chez lui, au pays de la Lune. Étant un pays très riche, le prince n'hésite pas à acheter tout ce qu'il voit, et lors de son voyage il tombera sur un cirque qui possède un tigre à dents de sabre très rare et le prince veut le posséder à tout prix. Il achète alors le zoo entier. La mission de l'équipe 7 et Lee qui était de simplement protéger le prince se transforme en une mission pour protéger et le prince qui n'écoute personne et les animaux qu'il vient d'acheter. Mais ils parviennent malgré cela à rentrer au pays de la Lune, indemnes. Cependant, trois ninjas aux techniques terrifiantes les attendent.

Laurel et Hardy travaillent dans une usine de klaxons ; Ollie en devient fou : Ils rentrent chez eux et le médecin diagnostique qu'Ollie est allergique aux sons de trompe ; Or Stan joue du trombone à coulisses; une combinaison néfaste. Ils décident de partir en croisière pour se reposer.