Au début du XVIIIe siècle, Aoki Souzaemon, un Samouraï, recherche l'homme qui a tué son père. Mais le jeune homme est bientôt rongé par le doute : doit-on à tout prix se venger ? N'est-il pas préférable de mener une vie tranquille auprès de ceux qu'on aime ?

Le puissant seigneur Yagyu est prêt à tous les sacrifices pour maintenir au pouvoir le shogun que l'on veut évincer pour raisons de santé; même à faire assassiner son propre fils.

Au Japon, sur l'île de Kyushu, deux frères sont séparés après le divorce de leurs parents. L'aîné, Koichi, âgé de 12 ans, part vivre avec sa mère chez ses grands-parents au sud de l'île, tout près de l'inquiétant volcan Sakurajima. Son petit frère, Ryunosuke, est resté avec son père, guitariste rock, au nord de l'île. Koichi souhaite par-dessus tout que sa famille soit à nouveau réunie - même si cela doit passer par l'éruption dévastatrice du volcan ! Lorsqu'un nouveau TGV relie enfin les 2 régions, Koichi, son jeune frère organisent clandestinement un voyage avec quelques amis jusqu'au point de croisement des trains, où un miracle pourrait, dit-on, se produire… Verront-ils se réaliser leurs vœux secrets ?

Une journée d’été à Yokohama. Une famille se retrouve pour commémorer la mort tragique du frère aîné, décédé quinze ans plus tôt en tentant de sauver un enfant de la noyade. Rien n’a bougé dans la spacieuse et réconfortante maison des parents. Mais pourtant, au fil des ans, chacun a imperceptiblement changé…

Paul Racine est un puissant homme d'affaires informaticien. Un soir, il séduit une belle mystérieuse japonaise, Kirina, à Nagoya au Japon. Quelques minutes après qu'il ait quitté sa chambre, trois ninjas s'introduisent chez la jeune femme. Leur chef, le légendaire Kinjo, dont seule une poignée de fidèles connaît l'identité, annonce à Kirina qu'elle doit mourir pour avoir trahi son protecteur. Racine assiste impuissant à l'exécution et entrevoit le visage de Kinjo. Il devient la cible des assassins et pour survivre, il doit s'associer à l'illustre professeur d'arts martiaux Takeda et sa femme Mieko qui lui offrent de se réfugier sur leur île. Racine découvre alors un autre monde, régi par les codes traditionnels des samouraïs et leurs conception médiévales du courage et de l'honneur. Il découvre aussi que Takeda s'est servi de lui pour débusquer Kinjo, son rival de toujours…

Après la guerre contre la famille Kanayama, Kagemitsu Daigo arrive dans le Pavillon de l'Enfer et fait un pacte avec les 48 démons contre 48 parties du corps de Hyakkimaru, son fils, afin de conquérir le monde. Après la naissance de Hyakkimaru, ses parents ont tenté de le tuer mais ils l'abandonnent finalement dans un seau sur la rivière. Un médecin le retrouve et lui crée les parties du corps manquantes.

Dans un Japon déchiré par la guerre, le shogun Tokugawa, désespéré de rétablir la paix à son peuple, ordonne l'assassinat des chefs de guerre hostiles. Une belle jeune femme, avec neuf autres orphelins, est élevée depuis sa naissance à devenir un assassin. Son nom est Azumi, l'assassin ultime.

Yataro Tanigawa, un ronin borgne, impressionne le patron des yakuzas Gomyo Kiyoemon par son talent au combat. Gomyo engage Tanigawa comme garde du corps (yojimbo) pour le protéger lors d'un conflit entre clans. Tanigawa monte rapidement en stature dans le clan, mais trouve les ennemis de son patron bien nombreux...

Tokyo. Plusieurs personnes sont retrouvées sauvagement mutilées dans leur appartement. Alors que tout porte à croire qu'il s'agit de suicides, la jeune détective Keiko Kirishima découvre que les victimes ont composé le même numéro "0", avant de mourir. En suivant cette piste, Keiko va se retrouver sur la trace d'un serial killer hors norme : celui-ci a le don de s'introduire dans les rêves de ses victimes pour les pousser à se tuer dans leur sommeil. Pour arrêter l'assassin, elle fait appel à un homme mystérieux, le "nightmare detective", qui a lui aussi le pouvoir de s'immiscer dans les rêves des gens...

Zatôichi retourne dans son village natal, avec sa femme pour y mener une vie paisible. Seulement voilà, Zatôichi sera bientôt forcé de reprendre le sabre…