En 1600, le navire hollandais L'Érasme s'échoue sur les côtes japonaises. Fait prisonnier par un seigneur local, son pilote anglais John Blackthorne découvre un pays dont il ignore tout et dans lequel les missionnaires Jésuites portugais ont un pouvoir considérable. Protégé par le général en chef des armées de l'Est, le seigneur Toranaga, John Blackthorne, devenu Anjin-San pour les Japonais (« Honorable Pilote »), connaîtra une ascension fulgurante et deviendra samouraï.

Après l'attaque d'un bateau de pêche, le seul membre d'équipage survivant se rend compte que ce n'est autre qu'un Godzilla ressuscité. Cependant, les efforts pour faire la lumière sur l'histoire sont réprimés par le gouvernement japonais au milieu des tensions politiques croissantes entre les États-Unis et l'Union soviétique, qui sont tous deux prêts à bombarder le Japon pour arrêter le monstre.

Au lendemain de la venue du premier Godzilla en 1954, le gouvernement japonais met en place une force spécialisée dans la destruction des monstres. Très efficace, celle-ci résiste à bien des envahisseurs, mais pas à la venue de Godzilla en 1999. Le gouvernement japonais ne s'avoue pas vaincu et décide de créer un bio-robot à partir du mélange de la technologie de pointe et de l'ADN prélevé sur les restes du tout premier Godzilla. Akane Yashiro est nommée pilote.