L'histoire se déroule un an après le premier film. On y suit les deux survivants rentrer chez eux et tenter d'alerter l'opinion publique sur ce qui s'est passé sur l'île. Leurs déclarations provoquent un chaos sur tout le pays, violemment réprimé par le pouvoir militaire. Ce dernier décide alors de faire participer les deux opposants à la deuxième session de Battle Royale en compagnie d'une classe beaucoup moins tendre que la précédente.

Yokohama, 2346. La belle ville portuaire japonaise est devenue un véritable cauchemar urbain. Pour lutter contre la surpopulation, la ville, dirigée par un maire fou, force les citoyens à prendre une drogue qui les rend stériles. La résistance cherche malgré tout à renverser le pouvoir en place. Ils vont être aidés par un répliquant (droïde à image humaine), qui va rapidement se retrouver confronté à un policier déterminé à mettre fin aux agissements des révolutionnaires. Jusqu'à ce qu'il découvre que la vie qu'il menait n'était qu'un énorme mensonge...

Dans le Japon médiéval, Ichi est une jeune orpheline, aveugle de naissance, qui gagne sa vie en jouant de la musique de village en village. Mais derrière ses airs fragiles se cache un tempérament guerrier. La jeune fille possède notamment un talent exceptionnel dans l’art de manier le sabre, arme qu’elle dissimule dans son bâton de marche.

Alors qu'il s'apprête à assassiner un chef yakuza, Okamoto se fait devancer par un autre. Il empoche tout de même la somme qui lui était promise, retourne vers son île natale. Là-bas, il tombe sur le mystérieux meurtrier qui n'est autre que son ami d'enfance, Sawada. Pendant un court moment, les deux hommes se replongent dans leur passé. Mais les yakuzas, les triades sont à leur poursuite. Okamoto propose alors à Sawada de reprendre du service, de jouer les tueurs à gages afin de pouvoir offrir des vaccins aux enfants des pays défavorisés.

Jojima est un policier qui s'est fixé comme but de mettre fin aux activités du truand Ryuichi. Mais quand il voit que le seul moyen de sauver sa fille, atteinte d'une maladie mortelle, est de réclamer l'aide d'un caïd yakuza afin de payer l'opération, Jojima n'hésite pas et pactise avec l'ennemi. De son côté, Ryuichi a également des problèmes familiaux : son petit frère, de retour des Etats-Unis où il était parti étudier, réalise soudainement que l'argent qui a financé sa formation provient d'actions criminelles. La tension et la rage vont aller crescendo...

Elevée dans la jungle depuis la mort de ses parents, Sheena a développé d'étranges pouvoirs lui permettant de se transformer à volonté, comme les Barbapapas, en n'importe quel animal. Ainsi elle peut se fondre dans la jungle et la défendre contre les nombreux individus qui veulent la détruire.

Dans un Tokyo futuriste, une immense guerre des gangs fait rage et divise la ville en quatre clans qui veulent imposer leurs règles. À la tête de deux bandes, deux anciens amis rivalisent et les rancoeurs et sentiments personnels viennent se mêler aux affrontements des hommes dans un chaos toujours grandissant.

Japonais installé à Bangkok, Kenji mène une vie solitaire, seulement ponctuée par son travail routinier de bibliothécaire et ses multiples et infructueuses tentatives de suicide. Un soir, son frère fait irruption chez lui, accompagné d'un autre homme. Soudain, l'intrus titre à bout portant sur son compagnon. Menacé à son tour, Kenji a juste le temps de s'emparer d'un revolver et d'abattre l'assassin de son frère. Fuyant à travers la nuit, Kenji croise Noi, une jeune prostituée dont la sœur vient d'être tuée dans un accident de voiture. Alors que tout les sépare, ces deux êtres déboussolés vont apprendre à se connaître et, peut-être à s'aimer…

A goat named Mei and a wolf named Gabu pledge to be secret friends after meeting on a stormy night, despite the fact that they are supposed to be natural enemies. The two must overcome hardships as they journey far in hopes to find an "Emerald Forest", free from persecution of their kind.