Dans les années 1960, le Japon connaît une forte croissance et les logements font défaut. De vastes programmes de construction sont lancés, destinés à transformer les campagnes en villes nouvelles, en particulier la haute vallée de la Tama, à l'ouest de Tokyo. Dans les bois à la périphérie de Tokyo vivent les tanuki. Ce sont à la fois des animaux réels et des animaux mythiques assimilés aux kitsune. La destruction quotidienne de leur espace vital inquiète les tanuki. Ils décident de s'unir et d'enrayer la progression nuisible des travaux en se transformant en divers objets pour garder leur campagne dans laquelle ils vivent…

Pendant que le cœur nucléaire de Godzilla rentre en fusion, menaçant d'exploser et d'anéantir la Terre à tout moment, un monstre formé de crustacés marins mutés par l'oxygen destroyer apparaît et attaque la population.

Au moment de la chute du Shogun, le samourai Kanichiro Yoshimura n'arrive plus à subvenir aux besoins de son épouse et de ses enfants. L'argent qu'il reçoit de son clan est insuffisant. Par amour pour les siens, Kanichiro est contraint de quitter son petit village. Il part à la recherche d'un clan plus important lequel pourrait le payer à hauteur de ses besoins en échange de ses services.

L'armée tente encore et toujours de tuer Godzilla, tandis que le Pr Shinoda suit le monstre à la trace pour tenter de percer le secret de son invulnérabilité. Un étrange météore est retrouvé au fond de l'eau et remonté. Le météore ne tarde pas à dévoiler sa vraie nature : un OVNI dont l'occupant s'intéresse de très près au pouvoir régénérateur de Godzilla...