Au cours de leur voyage ; Shyoran, Sakura, Fay et Kurogané vont visiter le Pays de la Cage Aux Oiseaux, pays où les habitants vivent en paix avec leur oiseau. Mais le Roi supprime l'oiseau de quiconque lui désobéi, et le peuple vit dans la peine et la misère... Séparés de Fay et Kurogané, Shyoran, Sakura et Mokona font la connaissance d'un enfant nommé Kurori qui les emmène à la rencontre de la princesse Tomoyo (qui a perdu sa voix et communique par télépathie en prenant la main des gens). Kurori explique à nos héros qu'il protège Tomoyo de son oncle, le Roi. Ce dernier a emporté son oiseau et supprimé sa voix avec le pouvoir d'une mystérieuse plume. Cette plume serait-elle un fragment de la mémoire de Sakura ? Afin de ramener la sérénité dans le pays et rapporter la plume à sa Princesse Sakura, Shyoran est déterminé à combattre le Roi !

Étudiant en première année d'université, Segawa Yuta est un jeune homme qui a été élevé depuis presque toujours par sa soeur Yuri, en raison de la disparition de ses parents dans le passé. Cependant à présent, il vit seul, car elle s'est mariée à un homme plus âgé qu'elle, et qu'elle n'a donc plus vraiment le temps de s'occuper de son frère. Mais un jour, Yuri revient voir Yuta, pour lui demander un grand service : celui de prendre soin de ses trois filles Sora, Miu et Hina, pendant qu'elle part en voyage avec son mari. Le concerné accepte d'aider sa soeur, néanmoins contre son gré. Après tout, c'est juste pour un voyage. Mais cela ne se passe malheureusement pas comme prévu, car l'avion dans lequel voyageaient Yuri et son homme, a disparu... Ainsi, pour ne pas que les trois jeunes filles soient adoptées séparément, le jeune homme décide de les garder dans son appartement. Et c'est de cette manière que la vie paisible de Yuta va être bouleversée à jamais...

Étudiant en première année d'université, Segawa Yuta est un jeune homme qui a été élevé depuis presque toujours par sa soeur Yuri, en raison de la disparition de ses parents dans le passé. Cependant à présent, il vit seul, car elle s'est mariée à un homme plus âgé qu'elle, et qu'elle n'a donc plus vraiment le temps de s'occuper de son frère. Mais un jour, Yuri revient voir Yuta, pour lui demander un grand service : celui de prendre soin de ses trois filles Sora, Miu et Hina, pendant qu'elle part en voyage avec son mari. Le concerné accepte d'aider sa soeur, néanmoins contre son gré. Après tout, c'est juste pour un voyage. Mais cela ne se passe malheureusement pas comme prévu, car l'avion dans lequel voyageaient Yuri et son homme, a disparu... Ainsi, pour ne pas que les trois jeunes filles soient adoptées séparément, le jeune homme décide de les garder dans son appartement. Et c'est de cette manière que la vie paisible de Yuta va être bouleversée à jamais...

« Kōkaku no Regios » se situe dans un monde pollué et dans lequel des créatures appelées « Limbeekoon » terrorisent l'humanité. Un jeune homme se nommant Layfon Alseif s'inscrit en tant qu'étudiant de rang D dans une des villes mobiles isolées (appelée Regios), la ville Académie de Zenri. Peu après son arrivée, il se fait remarquer par Nina Antalk, chef de la 17ème Unité d'Arts Militaire. Unité qu'il intègre.