Dans cette version contemporaine de Fantasia, Fantasia 2000 prolonge la vision de Walt Disney en alliant des musiques classiques et des techniques d'animation d'images plus récentes. On retrouve « L’Apprenti Sorcier » ainsi que 7 nouvelles séquences, dont « Les Pins de Rome », « Le Carnaval des Animaux », « Pomp and Circumstance » et « Rhapsody in Blue ».

Sur l’île fictionnelle d’Orphalese, Almitra, une petite fille de huit ans, rencontre Mustafa, prisonnier politique assigné à résidence. Contre toute attente, cette rencontre se transforme en amitié. Ce même jour, les autorités apprennent à Mustafa sa libération. Des gardes sont chargés de l’escorter immédiatement au bateau qui le ramènera vers son pays natal. Sur son chemin, Mustafa partage ses poèmes et sa vision de la vie avec les habitants d’Orphalese. Almitra, qui le suit discrètement, se représente ces paroles dans des séquences oniriques visuellement éblouissantes. Mais lorsqu’elle réalise que les intentions des gardes sont beaucoup moins nobles qu’annoncées, elle fait tout son possible pour aider son ami. Arrivera-t-elle à le sauver ?

Lorsque Falbala et Tragicomix sont kidnappés, celui qui leur a porté atteinte n’imagine pas qu’il vient de réveiller la colère du petit village gaulois. D’autant qu’Obélix est amoureux de Falbala…