Les aliens de la troisième planète du Trou noir récupèrent la carcasse de MechaGodzilla dans le but de le lancer une nouvelle fois contre Godzilla, le protecteur de la Terre. Le robot malfaisant sera aidé par le Titanosaurus, un dinosaure contrôlé par des scientifiques.

Un génie du mal nommé le Dr Who - Dr.Huu dans la version japonaise - a créé le robot Kong (parfois dénommé Mechani-Kong dans la version japonaise) pour creuser à la recherche d'un élément hautement radioactif appelé "Elément X". Quand il échoue, il séquestre le vrai King Kong pour faire le travail à sa place. Peu après les deux monstres s’affrontent en plein Japon...

Un étrange astéroïde s'écrase sur Terre et l'équipe du professeur Murai part enquêter sur place. Pendant ce temps, une femme étrange prétendant être une Martienne annonce que, si l'humanité ne se repent pas, elle sera détruite. La Martienne prophétise le retour de Godzilla et Rodan, ainsi que la venue d'un monstre de l'espace appelé King Ghidorah. Les prophéties se réalisent et Ghidrah sème la terreur. Seule solution : Godzilla, Rodan et Mothra doivent accepter de coopérer pour vaincre le monstre de l'espace.

Ryota vole un un bateau pour partir à la recherche de son frère disparu. Pendant le voyage en mer, le navire est attaqué par une terrible créature géante, Ebirah. Ayant accosté sur l'île de Letchi, il découvre que Mothra, un autre monstre, pourrait être capable de l'arrêter. En réalité, Mothra a besoin de renfort et Ryota va alors tout faire pour réveiller Godzilla...

Ex-flic, l'énigmatique Carrie Wells a le don de se souvenir d'absolument tout, de chaque date, lieu, événement. Le moindre détail reste gravé dans son esprit. Les bons souvenirs, et les plus atroces, comme la découverte du cadavre de sa sœur alors qu'elle n'était qu'une enfant. Un souvenir effroyable qui la hante encore aujourd'hui, d'autant que ce crime n'a jamais été résolu. Alors qu'elle mène une vie nouvelle à New York, Carrie, témoin d'un meurtre, est amenée à collaborer avec l'enquêteur chargé de l'affaire, qui s'avère être son ancien partenaire et petit-ami. En dépit de ses sentiments confus pour le détective Al Burns, Carrie décide d'intégrer de façon permanente son équipe pour aider à résoudre les affaires criminelles - et éventuellement élucider l'assassinat mystérieux de sa sœur. Tout ce qu'elle doit faire est de se souvenir.

Deux astronautes partent en mission d'exploration sur une planète orbitant autour de Jupiter et récemment découverte. Arrivés sur place, ils rencontrent les habitants, les Ixiens, qui sont assiégés et contraints de vivre sous terre à cause de King Ghidorah. Les Ixiens proposent un marché aux Terriens : si ceux-ci acceptent de leur prêter Godzilla et Rodan pour tuer King Ghidorah, ils offriront à la Terre un vaccin capable de guérir toutes les maladies.