En pleine Guerre d'Afghanistan, un groupe de réservistes des forces spéciales va devoir affronter un ennemi bien différent des talibans. Envoyés au milieu du désert par leurs supérieurs qui ont détecté un fort taux de radioactivité dans cette région supposément hantée, ils se rendent bientôt compte que la légende est vraie. Quelque chose se tapit sous le sable depuis des temps immémoriaux...

En octobre 1994, trois jeunes cinéastes, Heather Donahue, Joshua Leonard et Michael Williams, disparaissent en randonnée dans la foret de Black Hill au cours d'un reportage sur la sorcellerie. Un an plus tard, on a retrouve le film de leur enquête. Le Projet Blair Witch suit l'itineraire éprouvant des trois cinéastes a travers la forêt de Black Hills et rend compte des événements terrifiants qui s'y sont deroules. A ce jour, les trois cinéastes sont toujours portés disparus.

Quatre amis décident de se venger de l'extraterrestre qui les enleva et tua un de leurs amis...