Alors que son quartier général essuie des bombardements réguliers, la Fédération Terrienne orchestre une vaste contre-offensive en vue de capturer Odessa, siège des forces d'invasion du Duché de Zeon. Dans un ultime répit avant cette opération, Amuro et l'équipage du White Base font route vers Belfast, aux fins de ravitaillement. Mais en chemin, ils sont chargés d'une mission capitale : éliminer les troupes ennemies cachées sur une minuscule île déserte. Parti en quête de ces agents dormants, Amuro y fait cependant une trouvaille inattendue : une poignée d'enfants et un Zaku. Privé de son Gundam, il y rencontre un homme, le mystérieux Cucuruz Doan. Quels secrets Amuro va-t-il découvrir sur cette île, et surtout… parviendra-t-il à en réchapper ?

Issu de la race des Titans, Arion est né de Déméter et de Poséidon. Kidnappé très jeune par Hadès, il est élevé par ce dernier, qui va l'envoyer tuer Zeus, supposé être la cause de la cécité de sa mère. Un long voyage débute, où rencontres et révélations se succèderont, bouleversant ainsi le destin du jeune héros.

La guerre civile fait rage sur Vénus. La planète est déchirée entre Ishtar et Aphrodia et les civils doivent endurer couvre-feu et patrouilles continuels. Suzanne Summers, journaliste, arrive sur Vénus pour couvrir la guerre civile qui sévit. Elle rencontre Hiro qui fait partie d'un commando rebelle de motards, et se trouve alors impliquée dans l'affaire...

Le champ de bataille s’est déplacé à Loum, et un affrontement entre les flottes de Zeon et de la Fédération Terrienne est sur le point de se déclencher. Char Aznable, jeune pilote des forces de Zeon, bâti alors sa renommée sur ses exploits remarquables aux commandes de son Mobile Suit Zaku rouge. Il est désormais surnommé la « Comète Rouge ».

Le 3 janvier U.C. 0079, la Principauté de Zeon déclare la guerre à la Fédération de la Terre et massacre le gouvernement anti-Zeon de Side 2 « Hatte ». Dans le même temps, une force d'assaut mobile dirigée par Kycila capture les villes lunaires de Grenade et Von Braun. Le 16 janvier, la colonie se sépare en trois composantes lors de l'entrée atmosphérique et détruit le sud-est de l'Australie, le sud-ouest du Canada et la majeure partie de l'Asie de l'Est, entraînant la disparition de la moitié de la population mondiale.

Après le succès de la rébellion de l'aube, Degwin négocie avec le vice-amiral Revil pour le retrait complet des forces de la Fédération du côté 3 afin d'empêcher que de tels incidents ne se reproduisent. Dans la ville terre de Manaus, Char atterrit un travail en tant que pilote de travailleur mobile à Jaburo. Pendant son séjour, il rencontre une jeune Lalah Sune et la sauve des hommes qui l'avaient vendue. Pendant ce temps, Tem Rey apprend l'avancement du Projet MS de Zeon et de la défection soudaine du Professeur Minovsky à la Fédération. Cependant, alors qu'il se rendait à Von Braun, Minovsky est tué au cours d'une bataille entre l'escadron de poursuite mobile de Ramba Ral et les nouvelles unités RCX-76 Guncannon de la Fédération, mais inefficaces. Suite à l'incident, Tem présente son projet RX-78 à Anaheim Electronics comme une solution plus efficace aux combinaisons mobiles de Zeon.

Suite à un problème de sécurité au spatioport, Édouard et Char changent de vêtements et Char roule le vol d'Édouard, qui est saboté par les forces de Zeon. Ayant falsifié sa mort aux dépens de son ami, Édouard assume l'identité de Char et suit une formation de cadet de Zeon. Pendant l'entraînement, Char se lie d'amitié avec un jeune Garma Zabi. Deux ans plus tard, un navire de la Fédération désobéit aux ordres du contrôle de la circulation de Zeon et s'écrase et détruit par inadvertance un bloc agricole, provoquant la colère des colons de Zeon et déclenchant une rébellion ouverte. Saisissant cette chance, Char convainc Garma de mener ses camarades cadets sur une audacieuse attaque de nuit contre la garnison locale de la Fédération, les écrasant complètement et forçant leur reddition.

Trois années se sont écoulées depuis que Casval, Artesia et Jimba ont fui vers la Terre et se sont réfugiés dans le château de Don Teabolo, un aristocrate et un ami de confiance des Deikuns, en Andalousie, en Espagne; Teabolo adopte les enfants et les renomme respectivement Édouard et Sayla. Après que Jimba soit tué dans une attaque à l'assassinat par des mercenaires embauchés par Kycilia Zabi, le groupe Yashima, dont le président est un bon ami de Teabolo, propose de reloger Teabolo et ses enfants à Texas Colony à Side 5: Loum. À leur arrivée, les enfants rencontrent Char Aznable, qui ressemble étrangement à Édouard. La tragédie frappe les enfants quand ils reçoivent le mot que leur mère Astraia est morte. Après la mort de Lucifer, Édouard fait ses adieux à Sayla avant de se rendre à l'académie militaire de Loum. Pendant ce temps, Dozle Zabi invite Ramba Ral à participer à un projet de développement top secret qui changera le visage de l'armée de Zeon pour toujours.

U.C. 0068 - Tout en prononçant son discours pour déclarer l'indépendance de la République Autonome de Munzo de la Fédération de la Terre, Zeon Zum Deikun meurt subitement d'une crise cardiaque. Cela provoque des émeutes de masse dans la colonie contre la Fédération alors que Degwin Sodo Zabi, l'adjoint de Deikun, monte au pouvoir. Au milieu du chaos, les enfants de Deikun, Casval et Artesia, avec le chat Lucifer d'Artesia et Jimba Ral, le vieil ami de Deikun, s'embarquent à bord d'un cargo qui se dirige vers la Terre pour échapper au régime de Zabi.

En l'an 2161, Joe est à la tête des Crusher, un groupe de durs à cuire au service de l'Union Spatiale qui leur confie les travaux pas très honorables, voire illégaux. Pour être couverts, ils doivent impérativement réussir chaque mission...