Un navire est attaqué par une pieuvre géante, puis sauvé par un monstre vert et gigantesque, qui pourtant, ne tardera pas à dévorer les survivants, avant de fondre sur Tokyo. Le Docteur Stewart, un Américain, reconnaît là une espèce de monstre dont il sait qu'un autre spécimen est aussi en vie.

D'étranges visiteurs puissants et soi-disant pacifiques, les Mysterians, récemment débarqués sur la Terre, demandent au gouvernement de leur fournir quelques jolies jeunes femmes afin de perpétuer leur race en voie d'extinction.

Des catastrophes inexplicables s'abattent sur la Terre, plongeant les humains dans le chaos. Mais des événements se produisent aussi dans l'espace, notamment sur la station spaciale japonaise qui est détruite suite à une attaque par des extra-terrestres ! Les astronautes envoient deux navettes sur la Lune, d'où semble venir les attaques... Ils découvrent alors une base alien au coeur d'un volcan éteint et un combat débute entre les deux espèces, alors qu'au même moment des soucoupes volantes partent en direction de la Terre.

Les habitants de la cité engloutie de Mu, disparue voilà 12000 ans, ont décidé d'investir la surface de la Terre. Ils font enlever la fille du Professeur Shinguji qui avait construit à la fin de la deuxième guerre mondiale, un sous-marin capable d'atteindre les fantastiques profondeurs de leur monde. Un terrible combat pour sauver la race humaine commence à la surface du globe quand les habitants de Mu lancent une fulgurante attaque et sous les eaux, où un gigantesque serpent de mer protège l'entrée de leur royaume...

Une histoire de lynchage de yakuza pendant les périodes Edo, Taisho et Showa.

Un étrange astéroïde s'écrase sur Terre et l'équipe du professeur Murai part enquêter sur place. Pendant ce temps, une femme étrange prétendant être une Martienne annonce que, si l'humanité ne se repent pas, elle sera détruite. La Martienne prophétise le retour de Godzilla et Rodan, ainsi que la venue d'un monstre de l'espace appelé King Ghidorah. Les prophéties se réalisent et Ghidrah sème la terreur. Seule solution : Godzilla, Rodan et Mothra doivent accepter de coopérer pour vaincre le monstre de l'espace.

Ryota vole un un bateau pour partir à la recherche de son frère disparu. Pendant le voyage en mer, le navire est attaqué par une terrible créature géante, Ebirah. Ayant accosté sur l'île de Letchi, il découvre que Mothra, un autre monstre, pourrait être capable de l'arrêter. En réalité, Mothra a besoin de renfort et Ryota va alors tout faire pour réveiller Godzilla...

Ayant à peine trente ans, Yumiko est une Japonaise d'origine modeste qui n'a plus de goût pour l'existence. En effet, elle ne parvient pas à se remettre du décès de son mari, renversé par une voiture. Anéantie par cette disparition, elle est, de plus, amenée à croiser sans cesse Shiro Mishima, le responsable de l'accident. Pétri de culpabilité, celui-ci voudrait lui verser une pension, afin qu'elle vive décemment malgré la mort de son époux. Hantée par ses souvenirs, Yumiko décide de fuir chez sa belle-soeur, non loin du lac Towada. À sa grande surprise, elle y retrouve Mishima. Lorsque celui-ci lui adresse la parole, elle comprend peu à peu qu'il faut lui pardonner…