Un récit qui nous plonge en plein cœur d'un monde de ninjas que Kamui tente de fuir tant bien que mal, afin de retrouver un semblant de liberté. C'était sans compter sur le poids du destin qui le lie jusqu'à la mort à son clan. Kamui deviendra donc la cible d'incessantes attaques de ninjas entraînant dans son sillage mort et désolation…

Kyoto, au printemps 1865. Sozaburo et Hyozo viennent tous deux d'être embrigadés, au temple Nishi-Honganji, dans une prestigieuse milice composée exclusivement de samouraïs. Sozaburo, par son aspect androgyne, trouble tous les soldats, suscitant bien des convoitises. Bien que rien dans la milice n'interdise les amours entre hommes, certains d'entre eux le désirent en secret, même si Sozaburo clame haut et fort qu'il n'aime pas les garçons. Lorsqu'on retrouve le corps sans vie d'un soldat, c'est Sozaburo qui est chargé d'exécuter le principal suspect, qui n'est autre que Hyozo, soupçonné d'avoir tué par jalousie…