Hushpuppy, 6 ans, vit dans le bayou avec son père. Brusquement, la nature s'emballe, la température monte, les glaciers fondent, libérant une armée d'aurochs. Avec la montée des eaux, l'irruption des aurochs et la santé de son père qui décline, Hushpuppy décide de partir à la recherche de sa mère disparue.

Elevée par sa mère célibataire, Wendy s'étiole dans un quotidien dénué de magie. Un soir, la fillette part à l'aventure en sautant dans un train en marche avec ses deux petits frères, les jumeaux James et Douglas. Au terme du voyage, ils débarquent sur une île mystérieuse, où les enfants ne semblent pas vieillir et où règne un garçon rebelle, nommé Peter Pan.