Au milieu du 21ème siècle, le réchauffement climatique a fait de Tokyo une ville tropicale submergée par la végétation. Kuniko est une jeune fille, héritière d'une puissante lignée : le Metal-Age, qui vient tout juste de sortir de prison. Le monde ne s'est pas amélioré, le carbone dispersé par les humains rend la vie difficile, et les marchés pour contrer ce phénomène sont nombreux. A peine rentrée au village, Kuniko se retrouve face a l'armée, et soudain, son héritage symbolisant sa lignée se met à émettre une puissante onde sonore...

Un nouvel ennemi menace l’humanité, asservissant ou détruisant toutes les planètes se trouvant sur sa route. L’histoire raconte le combat mené par l’équipage du Yamato pour empêcher le vaisseau spatial Gatlantis d’envahir la Terre. Cerné par les flottes du Gatlantis, le Yamato arrive toutefois à s’échapper et atteint une étrange planète…