Yachi Haruaki, un jeune lycéen, reçoit un Cube Noir de la part de son père actuellement en voyage. Cette nuit-là, Yachi fut réveillé par d'étranges bruits provenant de la cuisine où il y fera la rencontre d'une voleuse entièrement nue mangeant des biscuits. Cette voleuse est la forme humaine du Cube Noir « maudit » au doux nom de Fear. Ensemble, ils vont essayer de lever la malédiction et lutter contre d'autres objets maléfiques voulant utiliser Fear pour de noirs desseins.

L’équipe de mah-jong de l’institut pour filles Achiga à Nara arriva une fois en demi-finale du tournoi national, mais y échoua. Le club de mah-jong fut alors dissous. Six ans plus tard, la jeune Shizuno Takakamo se lie d'amitié avec Nodoka Haramura. Elles entrent toutes les deux à l’institut Achiga, mais Nodoka change d’école en cours de route. Lorsque Shizuno voit Nodoka à la télévision l'année suivante au tournoi individuel des collèges, elle décide de faire revivre le club de mah-jong d’Achiga et d’aller poursuivre son amie d’enfance aux nationales.

L’équipe de mah-jong de l’institut pour filles Achiga à Nara arriva une fois en demi-finale du tournoi national, mais y échoua. Le club de mah-jong fut alors dissous. Six ans plus tard, la jeune Shizuno Takakamo se lie d'amitié avec Nodoka Haramura. Elles entrent toutes les deux à l’institut Achiga, mais Nodoka change d’école en cours de route. Lorsque Shizuno voit Nodoka à la télévision l'année suivante au tournoi individuel des collèges, elle décide de faire revivre le club de mah-jong d’Achiga et d’aller poursuivre son amie d’enfance aux nationales.

Ère orbitale, an 311. Les Humains ont migré dans l’espace et vivent désormais dans des colonies placées en orbite. Akiha Shishidô, dix-sept ans, est la cadette d’une famille riche qui se voit dans l’obligation de se marier. Pour éviter ce sujet, Akiha se dépêche d’aller à l’école avec son androïde, Imoko. Après une virée dans l’espace, elle rencontre de nombreux déchets de l’ancienne civilisation terrienne, ainsi qu’un gigantesque vaisseau qui n’est autre qu’une ancienne colonie spatiale. Après y avoir pénétré contre son gré, elle est rejointe par un officier de police : Itsuki Kannagi. Cette colonie est contrôlée par une intelligence artificielle nommée LEOPARD. C’est à partir de là que les ennuis vont commencer…

Une mystérieuse flotte de navires surarmés appelée « La Flotte du Brouillard » est soudainement apparue dans toutes les mers du monde. L’humanité n’ayant pas la technologie nécessaire pour rivaliser contre une telle flotte, s’est retrouvée chassée des mers… 17 ans après la défaite de l’humanité, Gunzou Chihaya et son équipage, à bord du I-401, partent affronter la flotte du brouillard avec l’aide de l’intelligence artificielle, Iona.