Japon féodal, ère Edo : Ittô Ogami est le bourreau officiel du Shôgun. Cette fonction, convoitée par tous les maîtres d'armes de la cour, consiste à décapiter les suzerains vassaux condamnés, pour rébellion, au hara-kiri. Elle procure le privilège d'arborer le blason du Shôgun, d'être admis à ses audiences personnelles., Retsudô Yagyû, maître d'armes assoiffé de pouvoir, compte bien récupérer pour son compte ce poste prestigieux... Un jour, Ogami est accusé à tort par Retsudô de comploter contre le Shôgun. Déchu de ses titres, condamné à se faire hara-kiri, il choisit de fuir avec son fils. Conscient que cette affaire, si elle s'ébruitait, porterait atteinte à la légitimité de son pouvoir, le Shôgun ordonne secrètement à Retsudô, à son clan de redoutables ninjas d'éliminer au plus vite Ittô Ogami. Devenu tueur à gages sous le nom du Loup à l'enfant, l'ancien bourreau du Shôgun n'a plus qu'une raison de vivre : se venger de Retsudô, prouver son innocence...

Zatoichi se retrouve fortuitement invité à une cérémonie qui réunit tous les clans yakuzas de la région, sous l'égide de leur chef suprême, un cruel et démoniaque parrain, aveugle comme lui. D'abord accueilli comme un des leurs, le "parrain Zatoichi", porte-parole de valeurs morales très personnelles, devient vite un convive gênant. Craignant qu'il ne nuise au bon déroulement de la cérémonie qui doit élire son successeur, le roi de la pègre, surnommé aussi le "shogun de l'ombre", décide d'éliminer Zatoichi. Pour cela, il va utiliser la seule arme capable, d'après lui, de terrasser le bretteur hors pair : la séduction. Et, effectivement, Zatoichi va tomber éperdument amoureux de la femme chargée de le tuer...

La prière adressée en début d'épisode par Zatoichi de ne plus avoir à tuer ne semble pas arriver aux oreilles des Dieux, un inconnu confrontant le bretteur en un duel à la vie et à la mort. En suivant le cheval de son adversaire défait, Zatoichi arrive dans un village sous l'emprise d'un gang de yakuzas. Le chef, un habile archer, avait sciemment envoyé un homme lui devant de l'argent pour affronter Zatoichi, sachant qu'il n'allait pas faire le poids face au légendaire bretteur. Blessé par la sœur de l'homme défait, Ichi va se reposer quelque temps auprès d'elle – et finit par confronter le chef de gang, avide de prendre l'entier contrôle des champs du village. En revanche, le bretteur ne saura – une fois de plus – compter que sur sa seule personne pour faire face à l'ennemi, la lâcheté des hommes les empêchant de faire face à la menace.

À bord du navire qui l'emporte vers la région du Mont Fuji, Zatoichi s'immisce dans une partie de dés. Avec sa ruse habituelle, il dépouille une bande de yakuzas. Sitôt débarqué, ces derniers vont tendre un piège au masseur roublard. L'affrontement tourne court mais blesse accidentellement la fillette d'une artiste ambulante. Embarrassé, Zatoichi promet à la mère de gagner l'argent nécessaire à l'achat du coûteux remède qui pourra sauver l'enfant de la gangrène. Il est aidé en cela par Tadasu Jumonji, un samouraï errant pour lequel il s'est pris d'amitié au cours de la traversée : car celui-ci est amateur d'échecs, jeu qu'affectionne aussi le masseur. Leur mission accomplie, les deux hommes continuent de cheminer ensemble vers le Mont Fuji, prétextant la moindre halte pour tâter de l'échiquier...

Au cours de son voyage, Zatoichi croise la route d'un vieux forgeron, qui le prévient de la prochaine "cassure" de sa fameuse épée. Le masseur prend la nouvelle comme un cadeau du ciel et décide de finalement tenter de se poser ; mais l'appel aux armes ne se fait pas attendre très longtemps, ses employeurs étant menacés par un redoutable chef de yakuza prenant le contrôle de la région en collaboration avec un notable corrompu.

Zatoichi est hébergé par un parrain qui lui demande, comme service rendu aux yakuzas, de servir de témoin à l'exécution d'un mauvais payeur. Mais les hommes chargés de la besogne s'avèrent incapables de s'en acquitter, et c'est finalement Zatoichi qui effectue le contrat. Il découvre alors que la victime avait une sœur et que c'est en vérité elle qui intéresse le chef du clan, puisqu'il l'a promise à un riche marchand en échange d'un poste de fonctionnaire. La jeune femme veut d'abord assassiner Zato avant de se rendre compte qu'elle est en fait tombée amoureuse de lui. Désormais, le masseur aveugle doit la protéger contre un gang de yakuzas au grand complet, tout en se préparant à combattre un étrange samouraï désireux de se mesurer à lui...

Au XVIIe siècle, le Japon n'est plus en guerre et le pays est dirigé avec fermeté. Hanshirô Tsugumo, un rônin (samouraï errant) sans travail parmi tant d'autres, décide de frapper à la porte du puissant clan des Ii. Reçu par Kageyu Saitô, l'intendant du clan, il lui demande la permission d'accomplir le suicide par harakiri dans la résidence. Tentant de l'en dissuader, Saitô commence alors à lui raconter l'histoire de Motome Chijiwa, un ancien rônin qui souhaitait accomplir, lui aussi, le même rituel.