Dans une rue déserte, quelque part à Kyôto, se trouve un bistrot japonais appelé Izakaya Nobu. Mais ce lieu a un secret : son entrée est reliée à un autre monde. Le chef Nobuyuki Yazawa et son serveur, Shinobu Senke, ont décidé de faire des affaires dans cette étrange et lointaine dimension, une ville ancienne connue sous le nom d'Aitheria. Gardes du palais, artisans, marchands ou nobles, tous sont accueillis avec une bière bien fraîche et un délicieux plat à partager...

Grâce à la Leo Corporation, dirigée par Reiji Akaba, de nouvelles avancées technologiques, comme la Solid Vision, un système holographique qui donne vie aux Monstres de Duel, donnant aux Monstres une masse physique et des environnements, laisse les joueurs interagir directement avec eux. Cela a donné naissance aux Action Duel, dans lesquels chaque duelliste peut traverser différents environnements pour localiser des Cartes d'Action pour les aider lors d'un moment critique. L'histoire suit Yûya Sakaki, un élève de seconde année au collège You Show Duel School de la ville de Maiami, dont le père a subitement disparu trois années auparavant alors qu'il devait participer à un duel très important. Durant son combat contre le champion actuel des Action Duel, Strong Nishijima, Yûya éveille un nouveau pouvoir de par le biais de son pendentif, connu comme l'Invocation Pendulum.

Dans un monde où les femmes dominent le gouvernement, la fabrication et l'utilisation d'armes sont strictement interdites. Cependant, le conflit n'a nullement pris fin : au lieu d'armes, la guerre se fait désormais par des mots. Grâce à la puissance des micros « Hypnosis Mic », les paroles peuvent affecter l'adversaire de diverses manières et causer de réels dommages. Ainsi, les divisions Ikebukuro, Yokohama, Shibuya et Shinjuku se livrent une guerre sans merci pour étendre leur territoire !