À la fin de l’ère Edo, un samouraï, Sanjuro, arrive dans un village écartelé entre deux bandes rivales, menées d’un côté par le bouilleur de saké, de l’autre par le courtier en soie. Les deux bandes veulent s’adjoindre les services de Sanjuro…

Min Joon croit au grand amour. C'est pourquoi, elle a tendance à se consacrer entièrement aux hommes qu'elle fréquente. Cependant, ses relations ont aboutit à des ruptures. Un jour en allant au travail, distraite au volant de sa voiture, elle tamponne la voiture qui la précède. Un homme, Robin Heiden en sort et lui demande des comptes mais en anglais. Pour lui échapper, elle feint de ne pas comprendre l'anglais. Finalement arrivée à son bureau, elle découvre que l'étranger n'est autre que son nouveau boss M. Robin…

En 1600, le navire hollandais L'Érasme s'échoue sur les côtes japonaises. Fait prisonnier par un seigneur local, son pilote anglais John Blackthorne découvre un pays dont il ignore tout et dans lequel les missionnaires Jésuites portugais ont un pouvoir considérable. Protégé par le général en chef des armées de l'Est, le seigneur Toranaga, John Blackthorne, devenu Anjin-San pour les Japonais (« Honorable Pilote »), connaîtra une ascension fulgurante et deviendra samouraï.

Après l'attaque d'un bateau de pêche, le seul membre d'équipage survivant se rend compte que ce n'est autre qu'un Godzilla ressuscité. Cependant, les efforts pour faire la lumière sur l'histoire sont réprimés par le gouvernement japonais au milieu des tensions politiques croissantes entre les États-Unis et l'Union soviétique, qui sont tous deux prêts à bombarder le Japon pour arrêter le monstre.

Japon, 1932. Après la mort de leur maître, deux élèves s'engagent sur deux voies radicalement différentes. L’un obéit à la lettre aux préceptes de son maître et se contente de contrer les coups de ses adversaires. L’autre ne comprend pas la pertinence d’apprendre à se battre pour simplement parer les attaques. Il n’hésite pas à frapper le premier. Alors que le second mène la police militaire japonaise dans des raids contre les dojos, le premier cherche à défendre les faibles et à déjouer les machinations d’une bande de proxénètes. Leurs parcours de croiseront de nouveau et permettra de savoir qui est le digne héritier du maître, capable de porter la ceinture noire....

Un étrange astéroïde s'écrase sur Terre et l'équipe du professeur Murai part enquêter sur place. Pendant ce temps, une femme étrange prétendant être une Martienne annonce que, si l'humanité ne se repent pas, elle sera détruite. La Martienne prophétise le retour de Godzilla et Rodan, ainsi que la venue d'un monstre de l'espace appelé King Ghidorah. Les prophéties se réalisent et Ghidrah sème la terreur. Seule solution : Godzilla, Rodan et Mothra doivent accepter de coopérer pour vaincre le monstre de l'espace.