Le village natal de Lygatt Arrow se trouve sur le chemin des armées ennemies. Malgré les ordres, il décide de partir sauver son frère. Il se retrouver alors fait prisonnier. C'est alors qu'Elsa se décide d'aller le sauver.

Le champ de bataille s’est déplacé à Loum, et un affrontement entre les flottes de Zeon et de la Fédération Terrienne est sur le point de se déclencher. Char Aznable, jeune pilote des forces de Zeon, bâti alors sa renommée sur ses exploits remarquables aux commandes de son Mobile Suit Zaku rouge. Il est désormais surnommé la « Comète Rouge ».

Le 3 janvier U.C. 0079, la Principauté de Zeon déclare la guerre à la Fédération de la Terre et massacre le gouvernement anti-Zeon de Side 2 « Hatte ». Dans le même temps, une force d'assaut mobile dirigée par Kycila capture les villes lunaires de Grenade et Von Braun. Le 16 janvier, la colonie se sépare en trois composantes lors de l'entrée atmosphérique et détruit le sud-est de l'Australie, le sud-ouest du Canada et la majeure partie de l'Asie de l'Est, entraînant la disparition de la moitié de la population mondiale.

Après le succès de la rébellion de l'aube, Degwin négocie avec le vice-amiral Revil pour le retrait complet des forces de la Fédération du côté 3 afin d'empêcher que de tels incidents ne se reproduisent. Dans la ville terre de Manaus, Char atterrit un travail en tant que pilote de travailleur mobile à Jaburo. Pendant son séjour, il rencontre une jeune Lalah Sune et la sauve des hommes qui l'avaient vendue. Pendant ce temps, Tem Rey apprend l'avancement du Projet MS de Zeon et de la défection soudaine du Professeur Minovsky à la Fédération. Cependant, alors qu'il se rendait à Von Braun, Minovsky est tué au cours d'une bataille entre l'escadron de poursuite mobile de Ramba Ral et les nouvelles unités RCX-76 Guncannon de la Fédération, mais inefficaces. Suite à l'incident, Tem présente son projet RX-78 à Anaheim Electronics comme une solution plus efficace aux combinaisons mobiles de Zeon.

Trois années se sont écoulées depuis que Casval, Artesia et Jimba ont fui vers la Terre et se sont réfugiés dans le château de Don Teabolo, un aristocrate et un ami de confiance des Deikuns, en Andalousie, en Espagne; Teabolo adopte les enfants et les renomme respectivement Édouard et Sayla. Après que Jimba soit tué dans une attaque à l'assassinat par des mercenaires embauchés par Kycilia Zabi, le groupe Yashima, dont le président est un bon ami de Teabolo, propose de reloger Teabolo et ses enfants à Texas Colony à Side 5: Loum. À leur arrivée, les enfants rencontrent Char Aznable, qui ressemble étrangement à Édouard. La tragédie frappe les enfants quand ils reçoivent le mot que leur mère Astraia est morte. Après la mort de Lucifer, Édouard fait ses adieux à Sayla avant de se rendre à l'académie militaire de Loum. Pendant ce temps, Dozle Zabi invite Ramba Ral à participer à un projet de développement top secret qui changera le visage de l'armée de Zeon pour toujours.

U.C. 0068 - Tout en prononçant son discours pour déclarer l'indépendance de la République Autonome de Munzo de la Fédération de la Terre, Zeon Zum Deikun meurt subitement d'une crise cardiaque. Cela provoque des émeutes de masse dans la colonie contre la Fédération alors que Degwin Sodo Zabi, l'adjoint de Deikun, monte au pouvoir. Au milieu du chaos, les enfants de Deikun, Casval et Artesia, avec le chat Lucifer d'Artesia et Jimba Ral, le vieil ami de Deikun, s'embarquent à bord d'un cargo qui se dirige vers la Terre pour échapper au régime de Zabi.

Hinako, une jeune fille passionnée de surf, déménage dans une ville balnéaire. Lors d'un incendie, elle est sauvée par un pompier nommé Minato. De cet incident va naître une incroyable fusion entre deux êtres que tout oppose. Mais Minato, jeune débutant surfeur, se retrouve un jour englouti par la mer. Alors que tout le monde tente de surmonter sa peine, Hinako s'accroche à l'esprit de son ami, qui rejaillit dans sa vie sous forme d'eau... Commence alors un nouveau chapitre de leur romance.

En 2045, Motoko Kusanagi et la Section 9 affrontent une nouvelle menace redoutable dans cette version long-métrage de la première saison de "SAC_2045".

Lorsqu'elle était enfant, Nicoletta a été recueillie par sa grand-mère pour que sa mère puisse se remarier. Maintenant adulte, elle laisse tout derrière elle à la campagne pour rendre visite à sa mère et au second mari de sa mère, propriétaire d'un ristorante. À sa grande surprise, son beau-père ne savait pas que sa femme avait une fille ! De la nourriture délicieuse et des gentlemen italiens reçoivent les clients au ristorante, la casetta dell'orso. Ils entrent en relation avec le cœur de chaque visiteur.