ChäoS;HEAd raconte l'histoire de Takumi Nishijō, un étudiant otaku, qui se retrouve mêlé aux récents problèmes de Shibuya (quartier de Tokyo). Les problèmes en question sont des meurtres inexpliqués, ainsi que des suicides de masse…

Oyamada Kouta est un garçon très banal qui se rend à son nouveau lycée pour son premier jour quand tout à coup il se fait aborder par Chizuru Minamoto qui est la plus belle fille de l'école. Elle lui demande de sortir avec, Kouta se demande pourquoi lui, qui est elle réellement et pourquoi elle se fait passer pour une lycéenne...

Oyamada Kouta est un garçon très banal qui se rend à son nouveau lycée pour son premier jour quand tout à coup il se fait aborder par Chizuru Minamoto qui est la plus belle fille de l'école. Elle lui demande de sortir avec, Kouta se demande pourquoi lui, qui est elle réellement et pourquoi elle se fait passer pour une lycéenne...

Aoi Nagisa est une jeune fille dont les parents ont été mutés à l'étranger. Elle est donc transférée en cours d'année à Astraea. Cet établissement est composé de trois écoles : St Miatre, St Le Rim et St Spica. En retard dès son jour d'admission, Nagisa tente de couper à travers le parc de la résidence universitaire. Elle tombe par surprise sur une éblouissante étudiante à la chevelure argentée. Alors que cette dernière s'approche et l'enlace pour l'embrasser, Nagisa s'évanouit.

Le Japon est divisé en deux parties : les combattants de l’ouest et les combattants de l’est. Les clans veulent déclencher la guerre des douze sinshos (douze clans, chacun représentant un animal du zodiaque chinois) et pour la contrer, l’homme le plus fort de la partie Est décide de marier son fils Kôshi avec la fille de l’homme le plus fort de la partie Ouest, Momoko. Momoko va ainsi aller habiter chez Kôshi pour essayer de lui faire un enfant, qui sera l’enfant le plus fort du monde. Malheureusement, Momoko va se heurter à un refus catégorique mais tout n’est pas perdu. Elle va essayer de le séduire de toutes les façons imaginables et en même temps le protéger des assassins venus des clans qui essayent de le tuer pour déclencher la guerre.

Le Japon est divisé en deux parties : les combattants de l’ouest et les combattants de l’est. Les clans veulent déclencher la guerre des douze sinshos (douze clans, chacun représentant un animal du zodiaque chinois) et pour la contrer, l’homme le plus fort de la partie Est décide de marier son fils Kôshi avec la fille de l’homme le plus fort de la partie Ouest, Momoko. Momoko va ainsi aller habiter chez Kôshi pour essayer de lui faire un enfant, qui sera l’enfant le plus fort du monde. Malheureusement, Momoko va se heurter à un refus catégorique mais tout n’est pas perdu. Elle va essayer de le séduire de toutes les façons imaginables et en même temps le protéger des assassins venus des clans qui essayent de le tuer pour déclencher la guerre.

En 1930 au Yukon, Albert Johnson, un trappeur, sauve un chien qui a été battu par son maître, Hazel et le soigne chez lui. Hazel porte plainte à la police montée, accusant Johnson d'avoir volé son chien alors que celui-ci a bien été payé. Mais le sergent de la gendarmerie royale, Edgar Millen, ne fait rien. Hazel, accompagné de quelques amis, décide alors de se faire justice et se rend à la cabane de Johnson. Mais le trappeur ne l'entend pas ainsi et en état de légitime défense tue un des compagnons de Hazel. Edgar Millen se voit du coup obligé d'intervenir et accompagné du plaignant, de quelques amis et de son équipe se rend à son tour à la cabane de Johnson...

L'Académie des magiciens s'articule autour de Takuto Hasegawa, qui fréquente une académie de magie qui n'est indiquée sur aucune carte. Au cours d'un examen de sorts d'invocation, il crée accidentellement une fille nommée Tanarot, qui détient assez de pouvoir magique pour détruire son pays, mais heureusement, Tanarot professe une loyauté indéfectible envers son "créateur".