Jeux Olympiques de Munich, 5 septembre 1972. Un commando de terroristes palestiniens prend en otages puis exécute 11 membres de l'équipe sportive israélienne, sous l'œil des téléspectateurs du monde entier. Inspiré de faits réels, Munich retrace le parcours de 5 agents israéliens chargés de traquer les 11 palestiniens considérés comme les commanditaires de l'attentat. Pour mener à bien cette mission, les 5 hommes devront renoncer du jour au lendemain à leur identité, et s’exposer à tout moment à la vengeance de leurs cibles.

IVe siècle après Jésus-Christ. L’Égypte est sous domination romaine. À Alexandrie, la révolte des Chrétiens gronde. Réfugiée dans la grande Bibliothèque, désormais menacée par la colère des insurgés, la brillante astronome Hypatie tente de préserver les connaissances accumulées depuis des siècles, avec l'aide de ses disciples. Parmi eux, deux hommes se disputent l'amour d'Hypatie : Oreste et le jeune esclave Davus, déchiré entre ses sentiments et la perspective d'être affranchi s'il accepte de rejoindre les Chrétiens, de plus en plus puissants…

Des fouilles archéologiques ont été entreprises dans un vieux quartier de Jérusalem par le professeur Sharon Golban. Après plusieurs jours de recherche, un mystérieux tombeau est mis à jour. Dans celui-ci, un squelette gît, et d'après les marques décelées sur les poignets et les pieds du cadavre, les datations exécutées au carbone 14 ainsi que les objets retrouvés aux côtés de la victime, il semblerait que cet homme fut crucifié il y a deux mille ans, sous l'époque de Ponce Pilate… Le professeur Matt Guttiérez est alors dépêché en urgence sur le lieu des fouilles par le Vatican afin de résoudre cette découverte jusqu'alors gardée secrète.

En rentrant de sa journée aux champs, Marie apprend que son père a consenti à son mariage avec le charpentier Joseph, qu'elle connaît à peine. Peu après, l'archange Gabriel annonce à la jeune fille qu'elle porte en elle le fils de Dieu. À son retour de chez sa cousine, où elle avait trouvé refuge, son ventre arrondi provoque un scandale. Joseph, qui menace de la répudier, reçoit en rêve la visite de Gabriel, qui l'informe de sa mission et le rassure sur la vertu de sa promise. Le bonheur du couple enfin soudé est de courte durée. En effet, Hérode, qui craint la réalisation de la prophétie de l'Ancien Testament annonçant la venue d'un nouveau roi, resserre son emprise sur ses sujets. Au même moment, un recensement national force Joseph à marcher avec sa femme jusqu'à Bethléem, direction également prise par trois mages guidés par une étoile.