Depuis sa mise à l’abandon, la Porte des Etoiles, une passerelle entre la Terre et les autres planètes, est étroitement surveillée par l’Armée de l’Air. Soudainement, elle s’active et une horde d’extraterrestres, les Goa’ulds, débarque et extermine le détachement de soldats en place. La seule survivante, un sergent, est emmenée de force sur leur planète d’origine : Abydos. Dépassé par les évènements, le Général Hammond rappelle d’urgence le Colonel Jack O’Neill pour qu’il reprenne du service. Le programme Stargate est alors relancé et la première équipe d’expédition, le commando SG-1, est paré pour sa mission de sauvetage… Le pilote de « Stargate SG-1 » est remonté en long-métrage, avec des scènes inédites et une nouvelle bande son.

C'est par hasard, à la suite d'un banal accident de la circulation, que la police de Chicago retrouve la piste de Mark Roberts, recherché pour un double meurtre. Le prévenu est placé sous la garde de l'US Marshal Samuel Gerard pour être extradé par avion sur New York avec une vingtaine de prisonniers. Au cours du vol, un détenu s'empare d'une arme et tire sur Robert. Il rate son objectif et pulvérise un hublot. C'est le crash. L'appareil termine sa course dans l'Ohio. Une fois l'épave évacuée, le marshal découvre que Roberts a disparu...