Alors que son quartier général essuie des bombardements réguliers, la Fédération Terrienne orchestre une vaste contre-offensive en vue de capturer Odessa, siège des forces d'invasion du Duché de Zeon. Dans un ultime répit avant cette opération, Amuro et l'équipage du White Base font route vers Belfast, aux fins de ravitaillement. Mais en chemin, ils sont chargés d'une mission capitale : éliminer les troupes ennemies cachées sur une minuscule île déserte. Parti en quête de ces agents dormants, Amuro y fait cependant une trouvaille inattendue : une poignée d'enfants et un Zaku. Privé de son Gundam, il y rencontre un homme, le mystérieux Cucuruz Doan. Quels secrets Amuro va-t-il découvrir sur cette île, et surtout… parviendra-t-il à en réchapper ?

L'histoire se passe dans un monde désolé recouvert de neige et d'étendues désertiques. La majorité des hommes vivent dans des villes recouvertes de grands dômes pour se protéger du climat extérieur. Voilà maintenant 200 ans que les loups ont été exterminés et ceux qui se rappellent encore de leur existence n'en parlent que par des légendes qu'on leur a racontées. Pourtant ils errent encore, prenant apparence humaine, pour se fondre parmi eux afin de se protéger. Une prophétie raconte que leur réapparition signifiera la fin du monde. Sous la lune rouge, ils chercheront leur Rakuen où seuls eux pourront y entrer. Kiba, un loup blanc, entend un appel au fond de lui qui lui dit de trouver le Rakuen. Sur les traces de Cheza, la Fleur de Lune, il est bien vite rejoint par Hige, Toboe et Tsume, trois autres loups qui ne veulent plus vivre cachés parmi les humains. Commence alors pour la meute la quête du Rakuen et un voyage qui s'annonce plein de difficultés…

Il existe au sein de notre société des êtres dotés de pouvoirs paranormaux, appelés Sorciers. Depuis des années, une organisation secrète du nom de Solomon les traque. Cette organisation, basée en Italie et dirigée par des prêtres, possède une branche au Japon, la STN-J. Robin, une jeune fille de quinze ans, intègrera cette organisation où ses talents de manipulation du feu se révèleront bien utiles… Mais la STN-J a des plans bien précis en ce qui concerne les Sorciers capturés, et elle n'hésite pas à cacher des informations à Solomon…

Les 4 OAV clôturant la série