Dans un futur alternatif, après des décennies de guerre, le monde a fini par arriver à une paix durable. Mais les Terriens ont désespérément besoin de retrouver un peu d'action. Pour apaiser ses citoyens, le gouvernement met alors en place un cycle de guerres d'un genre nouveau : celles-ci seront désormais organisées par des sociétés militaires privées, dans le seul but de divertir la population.C'est alors que la dernière recrue à rejoindre les pilotes de Sky Crawlers se retrouve impliquée dans un nouveau projet militaire, visant à rendre les pilotes infaillibles...

Il existe au sein de notre société des êtres dotés de pouvoirs paranormaux, appelés Sorciers. Depuis des années, une organisation secrète du nom de Solomon les traque. Cette organisation, basée en Italie et dirigée par des prêtres, possède une branche au Japon, la STN-J. Robin, une jeune fille de quinze ans, intègrera cette organisation où ses talents de manipulation du feu se révèleront bien utiles… Mais la STN-J a des plans bien précis en ce qui concerne les Sorciers capturés, et elle n'hésite pas à cacher des informations à Solomon…

20 ans avant le commencement de l'histoire, une météorite se dirigeant vers la Terre anéanti Pluton. Pluton détruite, la météorite, qui se nomme Thanatos, est restée temporairement stagnante et menace la Terre. Pour éviter une imminente destruction de la planète, l'ISDA travaille actuellement sur le Projet-D et a secrètement créé une arme, le Dragonaut, après avoir trouvé un œuf de dragon dans l'océan. Cependant, l'organisation s'aperçoit que la météorite n'est pas la seule menace, car de puissants dragons venant de Thanatos arrivent sur la Terre. Après avoir été témoin de d'un combat et de la mort d'une de ces créatures, Jin Kamishina, un garçon de 18 ans solitaire et orphelin, est choisi pour devenir un pilote de Dragonaut. Toa, une fille mystérieuse qui l'a sauvé d'une chute mortelle lors de l'attaque du dragon, l'aide dans son périple, . Au fil de leurs découvertes, ils rencontrent de nouveaux amis et de nouveaux ennemis, et développent une relation très proche...

500 ans après l'Armageddon, les Hommes vivent avec les Vampires et les Cyborgs créés par la Lost Technology. À Istvan, le marquis de Hongrie tente de reconstruire une arme surpuissante avec la Lost Technology afin de venger la mort de sa femme. Abel Nightlord, prêtre envoyé par le Vatican, va tout faire pour empêcher le Marquis d'atteindre son but avec l'aide d'Esther Blanchett, jeune religieuse qui va se joindre à Abel pour combattre les Vampires. Le Marquis de Hongrie est un vampire surpuissant mais Abel, lui, est un Kresnik…

À la suite d'une promesse faite à Mark Williams, un vieil ami cambrioleur décédé, Edgar / Lupin III doit restituer tous les objets volés par Mark dans le temps. Si il réussit, Edgar pourra connaitre l'emplacement du fameux « Diamant Trique » que convoite également Magali / Fujiko ainsi que des représentants de la mafia russe.