Nozomi Yumehara a abandonné sa vie scolaire lorsqu'elle et ses amis ont acquis des pouvoirs magiques pour combattre le mal. Les années ont passé et les filles se retrouvent adultes. Chacun a parcouru un chemin différent, avec sa propre famille, ses rêves et ses luttes. Une ombre mystérieuse menace l’humanité telle qu’elle la connaît. Les Pretty Cures doivent s'unir pour sauver une fois de plus le monde !

Dorémi, une simple écolière, se dit être la fille la plus malheureuse du monde, jusqu'au jour où elle se dirige sans le savoir vers une boutique magique tenue par la sorcière Maggie grigri et sa fée Lala. Dorémi transforme sans le vouloir la sorcière en une espèce de petite grenouille verte, et pour la délivrer de ce sort, est obligée de devenir son apprentie-sorcière. Seule Dorémi aura le pouvoir une fois devenue sorcière de délivrer Maggie grigri de cette malédiction.

Dorémi, une simple écolière, se dit être la fille la plus malheureuse du monde, jusqu'au jour où elle se dirige sans le savoir vers une boutique magique tenue par la sorcière Maggie grigri et sa fée Lala. Dorémi transforme sans le vouloir la sorcière en une espèce de petite grenouille verte, et pour la délivrer de ce sort, est obligée de devenir son apprentie-sorcière. Seule Dorémi aura le pouvoir une fois devenue sorcière de délivrer Maggie grigri de cette malédiction.

Alors que Pop doit se rendre dans le monde magique pour passer un examen de magie, Hana la suit. En essayant de la rattraper, Pop découvre dans le jardin de la reine une fleur différente des autres. Curieuse, Pop cueille la fleur et la rapporte dans le monde des humains. Seulement, cette fleur est la "Witch Queen Heart", une fleur très rare qui a le pouvoir d'exaucer les vœux. Si le vœu est bon, la fleur restera blanche, mais si le vœu est mauvais, elle changera de couleur et finira par se répandre dans toute la ville, réalisant les vœux de tout le monde. Après une dispute avec sa sœur, Doremi, Pop souhaite qu'elle cesse d'être une sorcière et devienne un rat, ce qui fait changer la fleurdecouleur.Commence alors une course contre la montre pour retrouver Doremi et empêcher la fleur de causer des dégâts.

Honey Kisaragi est une lycéenne de l'école de jeunes filles Sainte Chapelle. Le jour de son 16e anniversaire, alors qu'elle rentre chez elle, elle découvre que son père Takeshi Kisaragi a été enlevé par le gang Panther Claw car celui-ci avait découvert un dispositif pouvant permettre la transformation du corps humain. Le soir même, Honey Kisaragi rencontre un homme aux longs cheveux blancs qui lui donne le dit dispositif. Elle devient ainsi Cutie Honey et combat Panther Claw pour sauver son père. Mais une nouvelle étudiante transférée, Seira Hazuki, ne lui facilitera pas la tâche...