Au cours d'une mission, l'équipe de Naruto, Sakura et Saï, encadrée par Yamato, doit se rendre au Pays du Vent, dans les ruines de la ville de Rôran. Là-bas, ils doivent protéger le sceau enfermant la source des pouvoirs de Mukade. C'est alors que notre héros se retrouve aspiré dans le passé. Il y rencontre Sâra, reine de Rôran ainsi que de mystérieux ninjas originaires de Konoha. L'un d'eux ressemblant étrangement au Quatrième Hokage... Ils lui apprennent que Mukade est arrivé ici six ans avant lui et qu'il n'est autre que le conseiller de la reine. La seule solution pour que Naruto puisse revenir dans le présent est de le vaincre. Mais il n'y arrivera pas tout seul...

Parmi les cinq grandes nations ninja, les ninjas de Kumo, Iwa, Kiri, Suna, possédant un Kekkei Genkai disparaissent les uns après les autres !! Le seul pays non ébranlé est le pays du feu, les autres nations commencent alors à penser que ceci n'est pas une coïncidence. Malgré la tension de la situation qui semble conduire vers une autre guerre mondiale ninja, pourquoi Kakashi est-il parti du village... ?!

Naruto a causé trop de troubles, après une tentative d’assassinat sur le Raikage, il est enfermé dans une prison d’où l’on ne s’échappe pas. Elle a pour nom Hôzuki. Le maître des lieux s’appelle Mui, il utilise une technique de ninjutsu spéciale : l’Entrave Céleste, qu’il appose à tous les prisonniers. Cela les empêche de malaxer leur chakra et les rend impuissants. En prison, Naruto rencontre un ninja nommé Ryûzetsu qui lui parle de la Boîte du Paradis, une boîte légendaire qui date de l’époque de l’Ermite Rikûdo, et que Mui convoite. Elle aurait le pouvoir d’exaucer tous les voeux, et il semblerait que Mui ait besoin de Naruto pour l’ouvrir. Mais dans quel but ? Une chose est certaine, quelque chose ne tourne pas rond dans cette histoire…

Nous sommes en 2027 soit un an après la fin de la guerre-non nucléaire. Une ville relativement paisible appelée New Port est attaquée par des terroristes. L’armée japonaise décide de répliquer en postant son armée en plein cœur de New Port. Mais les terroristes frappent à nouveau. Une enquête est ouverte par le gouvernement nippon et celle-ci est confiée à la section 9 dirigée par Daisuke Aramaki. Afin de renforcer son effectif, le leader de la section 9 a intégré à son équipe un nouveau membre : une jeune demoiselle répondant au nom de major Motoko Kusanagi.