Un officier de police, Takabe, enquête sur une série de meurtres dont les victimes sont retrouvées avec une croix gravée dans le cou. Un jour, un jeune vagabond est arrêté près de l'endroit ou a été retrouvé le dernier corps. Il est vite identifié comme un ancien étudiant en psychologie, devenu fou et ayant d'inquiétants pouvoirs hypnotiques, lui permettant de pousser des gens à commettre des actes criminels...

Des Futurians débarquent sur Terre. Ils prétendent venir du futur où Godzilla a rasé le Japon, et proposent au gouvernement d'éliminer le monstre avec leur aide. Les Futurians, accompagnés de quelques représentants japonais, décident de se rendre en 1944 sur une île du Pacifique où est censé vivre le monstre qui donnera naissance, après irradiation, à Godzilla. Mais une fois sur place, les Futurians abandonnent trois Dorats, des petits monstres de leur époque qu'ils contrôlent mentalement. De retour dans le présent, tout le monde se rend compte que les Dorats ont à leur tour été irradiés et sont devenus King Ghidorah, un terrible monstre que les Futurians contrôlent pour ravager le Japon. Godzilla, que tout le monde croyait éliminé, se réveille alors.