Fin du XIXe siècle, Tokyo. Kikugorô Onoe est un acteur populaire de kabuki. Son fils, Kikunosuke, est un piètre acteur en comparaison. Pourtant, c'est lui qui doit succéder à son père. Se reposant sur le prestige de son nom, Kikinosuke s'offre le luxe de ne pas travailler son jeu et enchaîne les conquêtes. La réalité va bientôt le rattraper.

Le Japon du XIe siècle. Un gouverneur de province est exilé pour avoir défendu les paysans contre les autorités féodales. Quelques années plus tard, sa femme Tamaki, sa fille Anju et son fils Zushio sont kidnappés en cherchant à le rejoindre. Tamaki est déportée sur une île, alors que les enfants sont jetés dans un camp d'esclaves commandé par l’impitoyable intendant Sansho. Dix ans plus tard, Zushio, amer, a oublié les idéaux de compassion de son père mais Anju l’exhorte à ne pas devenir comme Sansho. Anju apprend alors que leur mère pourrait être vivante, et elle prépare un plan d’évasion pour Zushio…

Au XIIe siècle, alors que les guerres civiles font rage, le samouraï Moritō est chargé par l'empereur de traverser le territoire afin de distraire l'attention des rebelles. Il doit par la même occasion escorter la jolie servante Kesa. Sa mission accomplie, Moritō demande une récompense impossible: la main d'une femme mariée…

Japon féodal, ère Edo : Ittô Ogami est le bourreau officiel du Shôgun. Cette fonction, convoitée par tous les maîtres d'armes de la cour, consiste à décapiter les suzerains vassaux condamnés, pour rébellion, au hara-kiri. Elle procure le privilège d'arborer le blason du Shôgun, d'être admis à ses audiences personnelles., Retsudô Yagyû, maître d'armes assoiffé de pouvoir, compte bien récupérer pour son compte ce poste prestigieux... Un jour, Ogami est accusé à tort par Retsudô de comploter contre le Shôgun. Déchu de ses titres, condamné à se faire hara-kiri, il choisit de fuir avec son fils. Conscient que cette affaire, si elle s'ébruitait, porterait atteinte à la légitimité de son pouvoir, le Shôgun ordonne secrètement à Retsudô, à son clan de redoutables ninjas d'éliminer au plus vite Ittô Ogami. Devenu tueur à gages sous le nom du Loup à l'enfant, l'ancien bourreau du Shôgun n'a plus qu'une raison de vivre : se venger de Retsudô, prouver son innocence...

Kyoto, au XVIIe siècle. Ishun est un grand parcheminier qui vit avec sa seconde épouse, Osan, plus jeune. Cette dernière ne l'a épousé que pour sauver sa famille du déshonneur. Amoureuse du secrétaire de son mari, qui doit fuir après avoir commis une escroquerie, elle le rejoint. Tous deux s'unissent pour tenter d'échapper à leur destin tragique : la crucifixion qui châtie l'adultère.

Dans le Japon d'après-guerre à Gion, quartier populaire de Kyoto, la jeune Eiko décide de devenir geisha de haut niveau. Elle demande à Miyoharu, geisha de belle réputation, d'assurer sa formation. Pour cela, il leur faut emprunter de l'argent à une influente propriétaire de maison de thé. Mais les deux femmes comprennent que dans ce métier, il y a des contreparties à assumer.

Des paysans, endettés jusqu'au cou, sont dans l'impossibilité de rembourser le chef yakuza d'une maison de jeu. Ce dernier les fait kidnapper et demande à Zatoichi de servir d'intermédiaire pour collecter la somme exigée auprès du propriétaire de la maison de jeu rivale. Quand Zato se rend compte qu'il a été manipulé dans une guerre pour le contrôle des tripots, il est trop tard : son commanditaire élimine l'autre, et accroît son pouvoir. Désormais, Zato a deux objectifs : rétablir l'injustice qu'il a contribué à provoquer, et venir en aide à la femme qu'il a involontairement condamnée à la prostitution en tuant son mari lors d'une embuscade…

Dans le Japon médiéval, le samouraï Tadamori gagne l'estime de la cour impériale en l'aidant à lutter contre les grands temples de Kyoto. Son fils Kiyomori, qui parvient à déjouer un complot dont il est l'objet, va se révolter contre la cour, qui méprise les hommes de guerre.