Koyomi et Shiori se rencontrent à l’institut de recherche en sciences spéculatives, où travaillent leurs parents. Quand ces derniers leur apprennent qu’ils veulent se marier, ils se rendent dans un monde parallèle pour échapper à cette réalité. Mais les conséquences de ce transfert leur échappent rapidement…

Arrivé à un âge avancé, Koyomi reçoit sur son terminal un rappel pour un rendez-vous au carrefour de l’avenue Showa. Il y rencontre le fantôme d’une jeune fille. Aurait-il fait un transfert temporel ? Un voyage à travers le temps et les mondes parallèles débute alors pour percer les mystères de son existence et de sa relation avec celle qui partage sa vie.

Ino Mamako est professeur d'anglais dans l'une des écoles les plus difficiles du Japon, le lycée Ryuzan. Après neuf ans d'enseignement, Ino décide de « réinitialiser » sa vie et rencontre Ebisawa Yasuo, un « consultant en reconversion » charismatique qui conseille les gens pour changer d'emploi. Cependant, Ebisawa finit par engager Ino. Avec son partenaire de travail Taguchi Ryota, Ino aide d'autres personnes à changer de métier et à transformer le reste de leur vie.

Des Futurians débarquent sur Terre. Ils prétendent venir du futur où Godzilla a rasé le Japon, et proposent au gouvernement d'éliminer le monstre avec leur aide. Les Futurians, accompagnés de quelques représentants japonais, décident de se rendre en 1944 sur une île du Pacifique où est censé vivre le monstre qui donnera naissance, après irradiation, à Godzilla. Mais une fois sur place, les Futurians abandonnent trois Dorats, des petits monstres de leur époque qu'ils contrôlent mentalement. De retour dans le présent, tout le monde se rend compte que les Dorats ont à leur tour été irradiés et sont devenus King Ghidorah, un terrible monstre que les Futurians contrôlent pour ravager le Japon. Godzilla, que tout le monde croyait éliminé, se réveille alors.