Kōtetsushin Jeeg a lieu cinquante ans après l'original et dispose de nouveaux personnages. Le principal est Kenji Kusanagi, un lycéen qui devient Kōtetsushin Jeeg pour se battre contre le « Haniwa Genjin » (« Haniwa le Dieux des Fantômes », ou des robots d'argile) de l'Empire Jamada gouverné par la Reine Himika. Des personnages de la série originale apparaissent également.

À la suite d'une promesse faite à Mark Williams, un vieil ami cambrioleur décédé, Edgar / Lupin III doit restituer tous les objets volés par Mark dans le temps. Si il réussit, Edgar pourra connaitre l'emplacement du fameux « Diamant Trique » que convoite également Magali / Fujiko ainsi que des représentants de la mafia russe.

Dans ce nouvel épisode spécial, des événements poussent Jigen à vouloir éliminer Lupin. Goemon, ne pouvant pas pardonner la trahison de son ami, se range du côté de Lupin pour l'aider à le vaincre. Un terrible combat s'engage ainsi entre ces trois anciens amis !