Afin de faire baisser la criminalité dans la ville de Gotham, Le Pingouin a fait un accord avec le maire autorisant les criminels a faire leurs basses besognes. En échange d'une licence accordée par le vilain, les forces de police doivent fermer les yeux et laisser faire. Bien évidemment, James Gordon s'y oppose et se voit contraint malgré lui de suivre les ordres. Un nouvel ennemi apparaît dans la métropole : L'épouvantail. Ce dernier équipé d'un costume effrayant et d'un gaz provoquant les pires frayeurs commence à provoquer la panique. Bruce Wayne de plus en plus convaincu qu'il peut protéger les habitants de Gotham sort la nuit et agit anonymement comme le nouveau justicier des rues…

Six mois se sont écoulés depuis la libération des monstres d'Indian Hill sous le commandement de Fish Mooney. La police est sur les dents et la population a peur. Bruce est décidé à faire la lumière sur les incidents qui ont amené Wayne Enterprises à financer les projets fous d'Hugo Strange, et veut arrêter la corruption et les affaires frauduleuses dont l'entreprise est victime mais la cour des hiboux n'est pas près de renoncer à son emprise sur Gotham. Jim n'est désormais plus avec la femme qu'il aime et est plus motivé que jamais pour débarrasser la ville de la criminalité qui a pris un autre visage : celui des mutants. Toujours aidé de son partenaire Harvey Bullock, il doit désormais compter avec le nouveau maire de la ville : le Pingouin.

À la suite des précédents événements, Jim Gordon est rétrogradé comme simple policier. Bruce et Alfred dénichent au sein du Manoir une pièce secrète contenant un ordinateur ayant des données sur Wayne Enterprise. Avec l'aide de Lucius Fox, le jeune milliardaire va de découvertes en découvertes : Wayne Enterprise serait à l'origine de manipulations génétiques au cœur d'Indian Hill, une division de l'entreprise en contact avec l'asile d'Arkham que son père voulait fermer définitivement. A la venue d'un nouveau notable puissant nommé Théo Galavan, une vague de crimes déferle sur Gotham. Elle aura de graves répercussions sur la pègre ainsi que ses concitoyens.

Après une attaque, le chaos règne sur Gotham City, isolée du reste du monde. Jim Gordon essaye d'obtenir de l'aide du continent mais en vain. Il doit protéger les habitants de Gotham, devenue une vraie ville cimetière où les vilains font la loi. Mais peut-être devra-t-il faire appel à l'aide de ces derniers pour mener à bien son projet de sauver la ville ?

Le couple de milliardaires Thomas et Martha Wayne est retrouvé assassiné. Le mystérieux tueur chargé de la basse besogne laisse derrière lui un orphelin, leur fils Bruce. Laissé aux bons soins du majordome Alfred Pennyworth, le jeune homme décide de découvrir l'identité de l'assassin. Jim Gordon, officier de police fraîchement promu au sein de la brigade criminelle de Gotham City est chargé de l'enquête avec son partenaire Harvey Bullock, un policier qui connaît la ville comme sa poche mais aussi les criminels qui la peuplent. Le policier va découvrir au gré de l'affaire qu'une vaste conspiration est à l'origine de l'assassinat. Alors qu'une guerre des gangs sans précédent menace la ville et ses concitoyens, on voit émerger une toute nouvelle génération de criminels avec parmi eux, le plus dangereux : Le Pingouin.